Su padre Patricio Warnes de Geer, de ascendencia irlandesa y belga, había sido Alcalde del Cabildo de Cartagena en 1735 y 1744. Su madre Juana María Durango Atienza, pertenecía a una acomodada familia de Cartagena.
Los Warnes descendían del irlandés Salomon Warnes, proveniente de la Casa de su apellido del lugar Sutton, Connacht, Irlanda, quien durante las persecuciones religiosas efectuadas por los ocupantes británicos, a raíz de su fe católica se vio forzado a emigrar a Amberes, en los Países Bajos Españoles. Allí contrajo matrimonio con Isabel de Costes, natural del país y fueron padres de Pedro Warnes (casado con Catherine Van Reys). De esta última unión nació Diego Warnes, quien emigró a Cádiz junto con Margarithe de Geer —mujer de una antigua familia flamenca— y serían padres en 1707 de Patricio Warnes de Geer.
Manuel dejó numerosa descendencia. El 20 de mayo de 1748 en Buenos Aires, casó con María Josefa Arráez y tuvieron quince hijos, entre los cuales se encuentra Francisca Warnes, mujer del brigadier Juan Francisco García de Zúñiga (hijo de Alonso Mateo García de Zúñiga).
Viudo, casó en segundas nupcias el 19 de agosto de 1765, con Ana Jacoba García de Zúñiga, también hija de Alonso.
Al cumplir dieciocho años fue enviado por su padre a la ciudad de Cádiz. Después de finalizar sus estudios en España, se dedicó al comercio.
Estimulado por su tío Adrián Warnes viajó a Buenos Aires como dueño de registro de la nave francesa “Amable María”. Partió de Cádiz, con real permiso fechado el 20 de agosto de 1745. El 9 de mayo de 1746 abonó los derechos que le correspondían por el viaje.
Se estableció en dicha ciudad como próspero comerciante.
