Hijo natural de Fernando de Borja-Aragón y Castro y de Violante de Armendia y Matheu,[1] era nieto del duque de Gandía, san Francisco de Borja, tercer general de la Compañía de Jesús. Fue legitimado por el rey Felipe III durante las Cortes de Valencia, el 14 de enero de 1604.[1]
Desempeñó varias funciones en el Nuevo Reino de Granada. Fue presidente, gobernador y capitán general de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá,[1] para la que fue nombrado en 1605. Tomó posesión de dicho cargo, como el séptimo presidente, a los cuarenta y un años de edad, el 2 de octubre de 1605, la cual gobernó ininterrumpidamente durante veintidós años, hasta su muerte.
Durante su mandato, emprendió varias guerras contra los indios; la más intensa fue la pacificación de la Federación Pijao entre 1605 y 1615.
Se le concedió el hábito de caballero de la Orden de Santiago por Real Cédula, fechada en Lerma el 22 de mayo de 1610.
Regló la conducción de indios a las minas cercanas de Mariquita, destacándose como administrador y coadjutor de la administración pública y de los progresos materiales.
Salvaguardó la navegación por el río Magdalena de las acometidas de los indios Yariguíes y Carares.
Murió en Santafé de Bogotá el 12 de febrero de 1628[1] y está enterrado en la iglesia Catedral, en lo alto de las gradas, al lado derecho del altar mayor. No se le siguió juicio de residencia. Se encargó de la Presidencia el oidor Lesmes de Espinosa Saravia, hasta 1630.
El 3 de septiembre de 1597 contrajo matrimonio con Violante Miguel de Heredia y Forcadell,[1] nacida en Ulldecona, hija de Jaime Miguel de Heredia y de Beatriz Forcadell. Sus descendientes se encuentran en Ecuador y Chile. Constituyendo la única descendencia patrilineal o agnaticia, del linaje, papal - ducal de Gandía, de los Borja o Borgia. Uno de sus descendientes destacados es Rodrigo Borja Cevallos, expresidente de la República del Ecuador.[2]
