Su acto oficial más temprano documentado (junto con su padre) fue en 1451. En 1464 gobernó un infantazgo de varios distritos junto con su hermano Alberto VI, pero no participó activamente en administrarlos.
En 1472, Juan VI estuvo comprometido con Sofía, la hija del duque Erico II de Pomerania. El matrimonio se iba a celebrar en 1474. Sin embargo, Juan VI murió antes de que tuviera lugar el matrimonio. La fecha exacta de su muerte se desconoce; se le menciona por última vez en un documento datado el 20 de mayo de 1474.
