Su infancia transcurrió entre Colombia (1941-43), Venezuela (1948) y Estados Unidos (1943-48 y 1949-51). En 1951 volvió a Chile donde, tras una breve estancia en Argentina (1953), se radicó definitivamente.
En marzo de ese año partió a Estados Unidos para trabajar como consejero financiero en un banco de San Francisco, pero el 30 de agosto retornó a Chile para trabajar como juez en Panguipulli. Su fluidez en el francés le permitió en 1971 obtener un pequeño papel en Estado de sitio, película de Costa-Gavras rodada en Chile, pero ambientada en Uruguay, que denuncia la intervención de Estados Unidos en Latinoamérica durante las décadas de 1960 y 1970, y el apoyo de la CIA a las dictaduras militares que proliferaron en el continente durante la Guerra Fría.
El 12 de enero de 1998 fue designado juez titular para investigar varias querellas contra Pinochet por homicidio, en el contexto de la masacre denominada «Operación Caravana de la Muerte» (septiembre de 1973). El 16 de octubre de ese mismo año, Pinochet fue arrestado en una clínica de Londres, lo que dio inicio a un proceso judicial que sólo terminaría tras la muerte del dictador en 2006.
Entre 1999 y 2004 encabezó numerosas exhumaciones de restos de detenidos desaparecidos, a raíz de los cuales creó la figura del «secuestro permanente». En 2000 logró el desafuero de Pinochet (en su calidad de senador designado y vitalicio) en el marco de 19 delitos de secuestro permanente, a los que se sumaron otros 57 casos de homicidio y éste fue procesado. Sin embargo, la Corte de Apelaciones dejó sin efecto el procesamiento al acoger un recurso de amparo de la defensa. En 2001 se abrió un nuevo proceso contra Pinochet, que fue sobreseído definitivamente por motivos de salud (fallo confirmado en 2002).
Guzmán se retiró en 2005 y ese mismo año publicó sus memorias Au bord du monde. Les Mémoires du juge de Pinochet (En el borde del mundo: Memorias del juez que procesó a Pinochet). Hasta marzo de 2008 se desempeñó como decano de la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales de la Universidad Central de Chile. También fue director del Instituto de Derechos Humanos de la Universidad Central de Chile, entidad que él mismo fundó.
Otras obras suyas son La sentencia (1996) y Código de ética profesional del abogado (1998). Ha recibido los premios Jordi Xifra Heras (Universidad de Gerona), Óscar Romero de Derechos Humanos (Dayton University) y Letelier-Moffitt (Institute for Policy Studies). En 2010 el Haverford College de Pensilvania le confirió el grado de doctor honoris causa, por su valiente defensa de los derechos humanos, aún bajo las circunstancias más adversas. En septiembre de 2013, al cumplirse 40 años del golpe militar, recibió junto a los juristas españoles Joan Garcés y Baltasar Garzón el Premio Homenaje a la Justicia, otorgado por la Fundación Charles Horman.
En 2009 se presentó como candidato a senador independiente por la V Región Costa, sin éxito.
Referencias culturales
En mayo de 2008 se estrenó mundialmente en el Festival Internacional de Cine de San Francisco un documental de 84 minutos sobre los intentos de Juan Guzmán por llevar a la justicia al exdictador Augusto Pinochet. El documental, titulado El juez y el general (The Judge and the General), fue dirigido por Elizabeth Farnsworth y Patricio Lanfranco, y producido por West Wind Productions, una compañía sin fines de lucro con sede en San Francisco.
El 27 de agosto de 2014, Chilevisión estrenó la miniserie documental de tres capítulos El juez, la víctima y el victimario, en la que Guzmán relató los numerosos obstáculos que él y su equipo debieron sortear para poder investigar y procesar los crímenes de la dictadura.
