Nunca se tituló de abogado y en el Reino Unido consiguió un certificado expedido por el Gobierno de Su Majestad Británica por un programa de instrucción en administración universitaria, equivalente a lo que en Chile sería un título técnico de nivel superior.[3] Se doctoró en la Universidad de Leiden en 2008.[4]
Está casado con la psicóloga Mónica Espinosa y tiene tres hijos.
En octubre de 2013 fue uno de los miembros creadores del movimiento político Fuerza Pública, liderado por el economistaAndrés Velasco.[7][8][9][10][11] En febrero de 2017 anunció su salida del PPD, «aunque mantengo viva mi adhesión a los ideales que le dieron nacimiento».[5]
Ha sido considerado por parte del movimiento estudiantil como uno de los «ideólogos» de la educación de mercado chilena, lo que le ha significado ser objeto de funa por parte de estudiantes.[12][13]
Además, ha sido miembro del Consejo de Gobierno del International Institute for Educational Planning (IIPE); del Consejo de Gobierno de la Universidad de Naciones Unidas; del Consejo del Futuro de la Unesco, del Consejo de Gobierno del International Development Research Center del Canadá, del Comité Latinoamericano del Social Science Research Council (SSRC) de los Estados Unidos, y del Comité Directivo del Consejo Latinoamericano de Ciencias Sociales (Clacso).[6]
Se ha desempeñado en el Instituto de Investigación en Ciencias Sociales de la Universidad Diego Portales[3] y como presidente del Consejo Nacional de Certificación de la Gestión Escolar con sede en la Fundación Chile.
Controversias
Título universitario
El 12 de febrero de 2007 Brunner se vio envuelto en una polémica al descubrirse que durante años había mentido sobre su título académico, ya que nunca alcanzó a terminar la carrera de derecho en la Universidad Católica, según constaba hasta ese momento en su currículo en la página web de la Universidad Adolfo Ibáñez. Quien advirtió esto en términos públicos fue el historiadorAlfredo Jocelyn-Holt, quien, según una nota reproducida por al diario La Tercera, declaró:
«Tengo entendido, o si no que lo desmienta, que el señor José Joaquín Brunner no dispone de ningún grado o título académico universitario. Posee estudios en derecho y en sociología, pero no terminados. Ello, sin embargo, no ha impedido que se le considere, desde hace años, 'experto' en educación, convirtiéndose en, sin duda, el principal artífice de la administración del modelo educativo nacional, legado de la dictadura, durante los gobiernos concertacionistas».
Brunner respondió a una carta publicada en el mismo medio el 15 de febrero.
«Señor director: Agradezco su eutropélica nota publicada el domingo en Reportajes sobre mi carrera formativa ("Alfredo Jocelyn-Holt emplaza a José Joaquín Brunner por título universitario"). Sin duda, debió ir precedida por la famosa frase: Quod natura non dat, Salmantica non praestat. En cualquier caso, deja usted de lado mis únicos dos certificados con valor simbólico, académico y de mercado: la licenciatura secundaria y el certificado expedido por el Gobierno de S.M. Británica por un programa de instrucción en administración universitaria, equivalente a lo que en Chile sería un título técnico de nivel superior. De cualquier modo, soy consciente de estas frases atribuidas a Francisco de Sales, muerto en 1622: "La vanagloria de que se alimentan los hombres, o nace de cosas que se figuran tener, aunque carezcan de ellas; o que no pueden atribuírselas a sí, dado caso que las tengan; o que no merecen gloria, aun cuando pudieran atribuírselas".»