Se casa en 1847 con Manuela Bolognesi, residente de Arequipa.[1] En marzo de 1848 regresa a Paris, dejando a su esposa en Sudamérica. En París en 1848, es nombrado naturalista ayudante y trabaja por un cargo de botánico en la campaña del Museo Nacional de Historia Natural de Francia. Weddell publica en 1849 su Histoire Naturelle des quinquinas, ou monographie du genre Cinchona, seguido en 1850 con Additions à la flore de l’Amérique du Sud.
Viaja a Perú en 1851 (que luego publica con el título de Viaje por el Norte de Bolivia en 1853), y va a Orán, Argentina en 1857.
Entretanto, el cargo de Jussieu es suprimido y Weddell se esfuerza en obtener el de A. Brongniart (1801-1876).
De 1855 a 1861, prepara los dos volúmenes de Chloris andina : essai d’une flore de la région alpine des Cordillères de l’Amérique du Sud, constituant la sixième partie du compte rendu de l’expédition de Castelnau, Expédition dans les parties centrales de l’Amérique du Sud (que hace de 1850 a 1859).[2]
Histoire naturelle des Quinquinas (1849) - monografía describiendo la Cinchona
Additions à la flore de l’Amérique du Sud (1850) - dando la historia de su primera expedición a Sudamérica
Voyage dans la Nord de la Bolivie (1853) - describe su segundo viaje a Sudamérica
Chloris andina: essai d’une flore de la région alpine des Cordillères de l’Amérique du Sud (dos vols.) (1855-1861) - constituye la sexta parte de la Expédition dans les parties centrals de l’Amérique du Sud (1850-1859) de Francis de Castelnau
Benoît Dayrat. 2003. Les Botanistes et la Flore de France, trois siècles de découvertes. Publicación científica del Muséum national d’histoire naturelle : 690 pp.
Philippe Jaussaud & Édouard R. Brygoo. 2004. Du Jardin au Muséum en 516 biographies. Muséum national d’histoire naturelle de Paris : 630 pp.
↑Smithsonian Libraries, Francis; Weddell, H. A. (Hugh Algernon); Hulot d'Osery, Victor-Eugène; Gervais, Paul; Des Murs, Marc Athanase Parfait illet; Guichenot, M. (Alphonse); Lucas, Pierre Hippolyte; Hupé, Louis Hippolyte et al. (1850). Expédition dans les parties centrales de l'Amérique du Sud : de Rio de Janeiro à Lima, et de Lima au Para. Paris : Chez P. Bertrand. Consultado el 15 de julio de 2022.Se sugiere usar |número-autores= (ayuda)