Don Guillén murió en Praga y por lo tanto fue enterrado en la iglesia principal de los cortesanos católicos praguenses y españoles, en la iglesia de St. Tomáš en el Malá strana, en el sepulcro que mandó construir en el suelo de la nave frente al altar sólo para los miembros de la comunidad española. Tiene un marco de mármol Slivenecki marrón y una inscripción grabada en capiteles sobre la lápida de bronce conservada: SALVE CALCATOR HVIVS MARMORIS/ DON GUILIELMUS DE Sto CLEMENTE REGIS CATHOLICI IN GERMANIA/ LEGATOR EIVSDEM REGIS SVBDITIS/ IN SEPULTURAM EXSTRUXIT ANNO CHRISTI ICXCVII QUISQUIS LEGIS HIC SS.B.P. y debajo un escudo de armas con una campana, en ella una estrella de seis puntas y las palabras iniciales de la oración AVE MARIA.
Arienza Arienza, Javier (2017), "La historia de Guillén de San Clemente, un embajador hispano en el corazón de Europa entre los años 1581 y 1608”, Ibero – Americana Pragensia, XLV/2017, pp. 73-98, Praga.
Arienza Arienza, Javier (2011), La crónica hispana de la Guerra de los Quince Años (1593-1606), según Guillén de San Clemente y de Centelles, embajador de Felipe II y Felipe III en la Corte de Praga entre los años 1581 y 1608, Universidad de León, 349 pp., León, 2011 (ISBN 978-84-9773-577-3), (Depósito Legal, LE-786-2011)
Arienza Arienza, Javier (2009), “Viajes oficiales y diplomacia como vínculo de unión dinástica durante la segunda mitad del siglo XVI”, Ibero – Americana Pragensia, Supplementum XXII/2008, pp.45-57, Praga.
Arienza Arienza, Javier (2008), "Don Guillén de San Clemente, embajador hispano y cronista de la Larga Guerra contra los turcos (1593 - 1606)”, Acta Hispánica, XII, pp. 17 - 27, Szeged.