Su nombre está relacionado principalmente con la disputa entre Felipe el Hermoso y el papa Bonifacio VIII. En medio de los planes del monarca capetino para fortalecer las finanzas reales, dirigió la polÃtica real contra el papa y los templarios.
Tuvo actuaciones diplomáticas y oficiales destacadas. En 1300 fue enviado con una embajada a Bonifacio, de la cual dejó un relato pintoresco y muy colorista. Su influencia sobre el rey data de febrero de 1303, cuando persuadió a Felipe para que aceptara el audaz plan de apoderarse de Bonifacio y traerlo forzosamente de Italia a un concilio en Francia destinado a deponerlo. El 7 de marzo recibió, junto con otros tres, una comisión secreta de la cancillerÃa real para "ir a ciertos lugares ... y hacer tales tratados con personas que les parecieran buenas". El 12 de marzo se celebró en el Louvre una asamblea real solemne, en la que Guillaume de Nogaret leyó una larga serie de acusaciones contra Bonifacio y exigió la convocatoria de un consejo general para juzgarlo.
Sin embargo, la situación cambió pronto. El dÃa 9, un levantamiento concertado de los ciudadanos en apoyo de Bonifacio puso a Nogaret y a sus aliados en fuga, y el papa fue liberado. Su muerte en Roma, el 11 de octubre, salvó a Nogaret de una condena severa. La elección del tÃmido Benedicto XI fue un triunfo polÃtico de la corona de Francia y el inicio del cautiverio de Aviñón.
La detención de los templarios sin la autorización del pontÃfice, de quien dependÃa directamente la Orden, hizo protestar a Clemente, pero Felipe lo convence presentándole las confesiones obtenidas bajo tortura y consigue que el papa promulgue la bula Pastoralis praeminens, que decreta la detención de los templarios en todos los territorios cristianos. No contento, Felipe logra que el papa por medio de una instrucción general condene a la hoguera a aquellos que se retractaban de sus confesiones. Asà el 12 de mayo de 1310, en ParÃs, fueron quemados 54 templarios. Otros murieron a causa de las torturas o en la cárcel.
Murió en 1313 con la lengua horriblemente expulsada, según el cronista Jean Desnouelles, supuestamente envenenado por encargo de la condesa Mahaut d'Artois. Conservó los sellos hasta su muerte y estuvo ocupado con los asuntos del rey sobre Flandes hasta finales de marzo de 1313.
Nogaret es un personaje principal en Los Reyes malditos (Les Rois maudits), una serie de novelas históricas de Maurice Druon, que fueron adaptadas a una miniserie de televisión en 1972 y nuevamente en 2005.