Nació en una familia aristocrática en la región francesa del Delfinado. Mientras estudiaba en la Universidad de París se hizo alumno del erudito humanista y reformador moderado católicoJacques Lefèvre d'Étaples. Hacia el año 1520, Guillaume Farel ya había adoptado las ideas protestantes, y en 1523 fue expulsado de Francia por difundirlas. Se trasladó a Basilea, aunque sus enérgicos ataques al catolicismo le llevaron muy pronto al destierro. Continuó difundiendo las ideas de la Reforma, sobre todo entre los francohablantes suizos y se hizo famoso por su valor y elocuencia.
En 1532 se trasladó a Ginebra, donde su predicación y debates públicos ayudaron al triunfo del protestantismo, que el ayuntamiento de la ciudad adoptaría de manera formal en 1535. En 1536 Guillaume Farel persuadió al teólogo y reformador francés Juan Calvino para que le ayudara en la difusión de la Reforma y en la normalización de las prácticas eclesiásticas. Hubo resistencia contra sus severas medidas iniciales y los dos reformadores tuvieron que abandonar Ginebra en 1538. Farel se instaló en Neuchâtel, pero convenció a los ginebrinos para que permitieran el regreso de Calvino en 1541, y se convirtió en uno de sus más estrechos consejeros.
