El origen de Greifswald se halla en la fundación de un monasterio cisterciense. Las impresionantes ruinas de este monasterio se encuentran cerca de la ciudad, en el pequeño pueblo de Eldena. En 1250 el duque de PomeraniaWartislaw III otorgó a los habitantes de Greifswald el derecho municipal de Lübeck. Fue ocupada por las tropas imperiales el 20 de noviembre de 1627 y por las tropas suecas en junio de 1631.
Fue la capital de la Pomerania Sueca entre 1720 y 1814 (ocupada por Francia entre 1807-1810 y 1812-1813) hasta su entrega el 23 de octubre de 1815 a Prusia.
La ciudad depende de la universidad y de sus estudiantes, tanto económica como culturalmente. La universidad de Greifswald fue fundada en 1456 por el alcalde de entonces Heinrich Rubenow. Después de la universidad de Rostock, es la segunda en antigüedad en la Europa del Norte. A partir de 1933 se llama Ernst-Moritz-Arndt Universität. Actualmente, alrededor de 10 000 estudiantes cursan estudios en ella.
Se organizan actividades culturales, deportivas y musicales sin ánimo de lucro y con el objetivo de promover un debate abierto y enriquecedor entre los estudiantes sobre diversos temas de actualidad.
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