Nació en Baeza en el año 1520. Muy joven se trasladó a Roma, donde se formó como pintor. Colaboró con Vasari en la decoración de los techos de la Cancillería y posteriormente con Daniele da Volterra en la iglesia de la Trinità dei Monti —capilla Lucrecia della Rovere—. El contacto con estos y otros pintores manieristas, así como el estudio de los dibujos de Miguel Ángel, hicieron que su obra sentase las bases del romanismo en las escuelas del norte peninsular durante el último tercio del siglo xvi.
Tras residir durante veinte años en Roma, regresó a España en 1556, un año después se encontraba en Zaragoza y en 1558 se declaró vecino de Valladolid, donde recibió el encargo del retablo mayor de la catedral de Astorga, León, una de sus principales obras. En 1562 fue nombrado pintor de corte de Felipe II, por lo que se trasladó a Madrid. Allí trabajó decorando con pinturas al fresco el techo de la Torre de la Reina en el Palacio Real de El Pardo (Historia de Perseo), conjunto que por fortuna se salvó del incendio de 1604; y pintó otros murales en el Alcázar de Madrid, no conservados. Allí hubo de decorar varias estancias, como la galería dorada o la Torre Dorada, con temas como alegorías de Los Cuatro Elementos y Las artes liberales; pero todo ello se perdió con el incendio y destrucción del edificio en 1734. Becerra murió en Madrid el 23 de enero de 1568.
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