Entre los siglos IV y VI se construyeron varios kofun en un área llamado Furuichi-kofun-gun (古市古墳群,'Furuichi-kofun-gun'?).
Hacia 1959 los pueblos de Fujiidera y Dōmyōji se fusionaron para crear el pueblo de Fujiidera-Dōmyōji; al año siguiente fue renombrado a Misasagi. Fue promovido a ciudad el 1 de noviembre de 1966 y renombrado como Fujiidera.
Geografía
Dos ríos recorren la ciudad, el Yamatogawa, y el Ishikawa. Están protegidos por diques para evitar inundaciones en las áreas bajas colindantes.