Nuevamente afincado en los Estados Unidos, Alegría enseñó en Berkeley entre 1964 y 1967 y luego en la Universidad Stanford hasta su retiro en 1998. Fue agregado cultural del gobierno de Salvador Allende desde su elección hasta su derrocamiento por el Golpe de Estado capitaneado por Augusto Pinochet. Fue académico de número de la Academia Norteamericana de la Lengua Española y una de las figuras más destacadas en la introducción de la literatura latinoamericana en los Estados Unidos, donde su influencia fue enorme. Sus obras sobre historia de la literatura —La novela hispanoamericana del siglo XX (1967), Literatura chilena del siglo XX (1967), Literatura chilena contemporánea (1969), Literatura y revolución (1970), Literatura y praxis en América latina (1974)— se encuentran entre lo principal del género.
Se retiró en 1998, donando manuscritos y originales a la UCB. Falleció en su hogar de Walnut Creek el 29 de octubre de 2005.
¡Viva Chile M!..
¡Viva Chile M!.. es una obra poética y folclórica chilena que recoge uno de los gritos de victoria más usados en el país. Fue escrita por Fernando Alegría en 1965 y resume en la frase final de cada estrofa sentimientos de tipos muy distintos, relacionados con la naturaleza del país.
«Cuando alzado a medianoche nos sacude un terremoto Cuando el mar saquea nuestras casas y se esconde entre los bosques, Cuando Chile ya no puede estar seguro de sus mapas Y cantamos como un gallo que ha de picar el sol en pedazos: Digo con firmeza ¡Viva Chile mierda!»