En 1775 recibió la orden de fundar una misión entre la Misión de San Diego de Alcalá y la de San Gabriel, y en 1776, fue enviado a San Diego, donde permaneció hasta la muerte de fray Junípero Serra. Fue nombrado su sucesor y presidente de las nuevas misiones en febrero de 1785.
Para el cumplimiento de la orden de fundar la primera misión el 21 de enero de 1797 después de haber explorado y conocido la región, y viendo opciones, fundó la Misión de San Juan Capistrano.
Como presidente de las misiones conservó y aumentó las fundadas por Junípero Serra, con otras nueve nuevas misiones, que a la postre, hoy son grandes ciudades norteamericanas de la costa de California.
Lasuén destaca por ser fundador de misiones, y un administrador modelo. Procuró la autosuficiencia de las misiones, así como escuelas para los naturales y lugares de recepción de viajeros. Lideró la formación de los indígenas en las necesidades básicas para mejorar sus condiciones personales y colectivas. Les enseño a cultivar, construcción de canales y pozos de agua, y su educación cultural y religiosa, incluyendo hasta 50 oficios distintos. Elevó el sistema de las fundaciones al más alto grado de eficacia, prosperidad e influencia. Serra fue el pionero, y a Lasuén se debe el apogeo del progreso técnico y económico de la Alta California. Así las misiones producían cuero, vasijas, cestos, mantas, sillas de montar, jabón, velas, aceituna, legumbres, limoneros, almendros, nogales, higueras, palmas, vid.
Fundó nueve misiones donde el estilo arquitectónico misional lo hizo presente conjugando el arte de los indígenas locales con el estilo europeo creando un nuevo estilo arquitectónico.
La Misión de Santa Bárbara, que dio a la ciudad del mismo nombre;
La Misión de la Purísima Concepción, en el valle de Lompoc;
La Misión de la Santa Cruz, que dio lugar a la ciudad de Santa Cruz;
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