Por encargo del papa Gregorio XIII, comenzó a pintar la Capilla Paulina en el Palacio Apostólico Vaticano, pero por motivos personales tuvo que huir en 1574 a Londres. Pasó seis años en la corte inglesa, pintando sobre todo retratos. Los cuadros más conocidos de esta época son los retratos de las reinas Isabel I y María Estuardo.
En 1580 se trasladó a Venecia, pintando para el Palacio de los Dogos una Humillación de Barbarroja. El papa Gregorio XIII animó a Zuccaro a retornar a Roma para terminar la Capilla Paulina, y así lo hizo. En 1586 siguió la llamada del rey Felipe II para trasladarse a Madrid y colaborar en la decoración de El Escorial. Fundamentalmente se dedicó a pintar retablos y frescos.
Regresó a Roma, donde fundó la Accademia di San Luca, de la que fue el primer presidente.
Además de su actividad pictórica, Zuccaro trabajó también en el campo de la teoría del arte.
Obras
Frescos en la Villa d'Este, Tivoli, en colaboración con Taddeo Zuccari;