La diversidad microbiana del suelo contribuye a que el suelo sea un recurso multifuncional, dado que este se caracteriza por su complejidad y variabilidad. El suelo está compuesto por partículas minerales, materia orgánica, agua, aire y organismos vivos. Además, alberga el 90% de las reservas alimentarias globales, sirve como fundamento para las actividades humanas y la configuración del paisaje, y actúa como fuente de materias primas. Dada su naturaleza no renovable, es fundamental implementar estrategias de preservación.^[1]​

La diversidad microbiana del suelo está dada por el gran número de microorganismos que lo habitan. Los principales grupos microbianos que se encuentran en el son: hongos, bacterias, protozoos, algas y virus.^[2]​^[3]​

Los principales grupos que integran la biota del suelo son:

1. Productores primarios: abarcan tanto plantas superiores como inferiores y se consideran organismos fotosintéticos que absorben dióxido de carbono del aire. A través de sus sistemas de raíces, penetran en el suelo y transportan los compuestos orgánicos que sintetizan en la parte superior de la planta.^[4]​
2. Herbívoros: Organismos que se nutren y procesan parcialmente los tejidos vivos de las plantas.
3. Macrofauna: organismos que alteran significativamente el suelo al construir estructuras, contribuyendo también al reciclaje de nutrientes. Pueden incluir depredadores, como ciertas especies de hormigas.^[4]​
4. Transformadores de hojarasca: invertebrados que se alimentan de restos orgánicos procesados por microbios y trituradores, haciendo el material más accesible para los descomponedores o estimulando el crecimiento microbiano a partir de sus excreciones.^[4]​
5. Descomponedores: como hongos o bacterias que degradan la celulosa, los cuales contienen enzimas especializadas en la descomposición de polímeros, responsables de gran parte del flujo de energía en la red alimentaria de los descomponedores.^[4]​
6. Depredadores: animales que controlan poblaciones de herbívoros, transformadores de hojarasca, descomponedores y microrreguladores a través de la depredación.^[4]​
7. Microrreguladores: organismos que intervienen en los ciclos de nutrientes mediante el forrajeo y otras interacciones con los microorganismos encargados de la descomposición.^[4]​
8. Microsimbiontes: microorganismos que viven asociados a las raíces, facilitando la absorción de nutrientes.
9. Plagas y enfermedades del suelo: pueden incluirse también especies que actúan como controladores biológicos, como depredadores, parasitoides e hiperparásitos de plagas y patógenos.^[4]​
10. Transformadores procariontes: arqueas y bacterias que participan en la transformación específica de carbono o nutrientes como el nitrógeno, el azufre o el fósforo, mediante procesos como la nitrificación y la fijación de nitrógeno.^[4]​

1. ↑ Navas Vásquez, Mariela. «Bases técnicas para evaluar la calidad del suelo». Capítulo xx. 
2. ↑ Blagodatskaya, Evgenia; Kuzyakov, Yakov (2013-12). «Active microorganisms in soil: Critical review of estimation criteria and approaches». Soil Biology and Biochemistry (en inglés) 67: 192-211. doi:10.1016/j.soilbio.2013.08.024. Consultado el 4 de julio de 2024. 
3. ↑ Banerjee, Samiran; van der Heijden, Marcel G. A. (2023-01). «Soil microbiomes and one health». Nature Reviews Microbiology (en inglés) 21 (1): 6-20. ISSN 1740-1534. doi:10.1038/s41579-022-00779-w. Consultado el 4 de julio de 2024. 
4. ↑ ^{a b c d e f g h} Swift, Mike J; Bignell, David E; Moreira, Fátima M. S; Huising, E. Jeroen. El inventario de la biodiversidad biológica del suelo: conceptos y guía general. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. pp. 29-52. Consultado el 21 de septiembre de 2024.