A petición del duque Conrado I de Mazovia el papa Inocencio III aprobó en 1209 la cruzada contra los prusianos. En 1212 el papa nombró a Christian de Oliva obispo misionero de Prusia. Creó en 1216 con Conrado I de Mazovia la Orden de Dobrin, apodada Caballeros Prusianos de Jesucristo.
La Orden Teutónica fue fundada en 1198. Su primera misión fue ayudar a los peregrinos alemanes en Palestina, al mismo tiempo que se asociaba con las operaciones militares que pudieran llevarse a cabo allí. Bajo el gran maestre Hermann von Salza (1209-1239), la Orden Teutónica estuvo estrechamente vinculada a la Dinastía Hohenstaufen. Las buenas relaciones que mantuvo con el papa y el emperador le permitieron obtener muchos privilegios para la Orden Teutónica. Tras ser expulsado en 1225 por los húngaros que los acusaron de apropiarse de privilegios y tierras en la lucha contra los paganos cumanos, el gran maestre aceptó en 1226 el ofrecimiento de Conrado I de Mazovia de dirigirse a la frontera norte de Mazovia.
El emperador romano Federico II Hohenstaufen concedió una bula de oro en la dieta de Rímini en marzo de 1226 para confirmar las posesiones de los caballeros teutónicos en Prusia. Fue también confirmado por el Tratado de Kruschwitz con el rey polaco Conrado I de Mazovia en 1230, y luego por la bula Pietati proximum del papa Gregorio IX en 1234.
Tras la conquista de las tierras ocupadas por los prusianos por los caballeros de la Orden Teutónica, el legado papal Guillermo de Módena llevó a cabo la organización eclesiástica de los territorios conquistados. La diócesis fue una de las 4 (Kulm, Pomesania, Varmia y Sambia) erigidas por el Guillermo de Módena sobre la base de la bula His quae per dilectos filios emitida el 29 de julio de 1243 por el papa Inocencio IV,[1] dentro de los territorios del Estado monástico de los Caballeros Teutónicos.
El papa envió en 1244 a Albert Suerbeer, exarzobispo de Armagh, y entonces administrador del obispado de Chiemsee (luego obispo de Lübeck en 1247), para supervisar el respeto de esta organización. A título personal, fue nombrado arzobispo de Prusia, Livonia y Estonia, antes de ser elegido arzobispo de Riga en 1253, por lo que la arquidiócesis de Riga pasó a ser metropolitana de las diócesis recién creadas. Los caballeros teutónicos fueron incapaces de controlar Prusia después del Gran Levantamiento Prusiano hasta el final del siglo XIII.
Los obispos de Pomesania con sede en Riesenburg administraron el tercio del territorio diocesano como sus bienes temporales. El capítulo de la catedral de la diócesis se encontraba en la catedral fortificada de Marienwerder. En la década de 1280, la Orden Teutónica logró que todos los canónigos del capítulo fueran miembros de la Orden Teutónica, ganando así influencia en la diócesis y en las elecciones de obispos por el capítulo de canónigos. Así que la temporalidad del obispo de Pomesania no desarrolló el estatus de obispado principesco y fue gobernado como parte de la Prusia teutónica.
Erhard von Queis fue elegido obispo por el capítulo de la catedral el 10 de septiembre de 1523. Su elección nunca fue confirmada por el papa, ya que Queis profesaba el luteranismo, pero de todos modos se instaló en el castillo de Riesenburg. A finales de 1524 Queis publicó su programa de reforma para la diócesis Themata episcopi Riesenburgensis. En este programa postuló que Cristo instituyó solo dos sacramentos y que las leyes de los mortales en la Iglesia deberían abolirse. Exigió que los servicios religiosos fueran en alemán y prohibió el culto a la Eucaristía y la procesión del Corpus Christi. Su decimonovena tesis fue: La Misa diaria es una abominación para Dios: por lo tanto, de ahora en adelante no se celebrará en ninguna iglesia ni en ningún otro lugar. Permitió que se casaran sacerdotes y miembros de órdenes religiosas. La parte de la diócesis situada en la Prusia ducal fue administrada por obispos luteranos desde entonces.
Jorge de Brandeburgo-Ansbach, margrave de Brandenburg-Ansbach, fue el primer príncipe alemán en adoptar la Reforma luterana en 1522. Su hermano, Alberto de Brandenburgo-Ansbach era el gran maestre de la Orden Teutónica desde 1511 y se convirtió al luteranismo en 1525. Alberto secularizó los territorios de Prusia bajo dominio de la Orden Teutónica para crear el Ducado de Prusia en 1525, que fue el primer Estado en adoptar la fe luterana, adoptando una nueva Orden de la Iglesia (Artikel der Ceremonien und anderen kirchenordung) escrita por los obispos Polentz de Sambia y Queis, que se habían convertido en luteranos. Queis cedió el poder temporal sobre su obispado al duque de Prusia y solo conservó el señorío de Marienwerder, falleció en 1529.
Los obispos de Chełmno (Kulm) heredaron el título de obispos de Pomesania como administradores apostólicos, lo que fue confirmado por un escrito apostólico el 19 de abril de 1601. El título fue suprimido en 1763 y su parte católica unida a la diócesis de Kulm (Culm o Chełmno, actual diócesis de Pelplin).
En octubre de 2014 se restauró la sede de Pomesania como obispado titular. El actual obispo titular es Adam Wodarczyk, obispo auxiliar de Katowice.
Episcopologio
Ernst, O.P. † (antes del 10 de enero de 1249-1260 falleció)
Albert, O.F.M. † (antes del 1 de abril de 1261-1285 falleció)
Heinrich † (1286-1303 falleció)
Christian † (16 de mayo de 1303-22 de julio de 1306 falleció)
Lutho von Baldersheim † (3 de diciembre de 1319[2] -28 de agosto de 1321 falleció)
Rudolf † (5 de marzo de 1322-1332 falleció)
Bertold von Riesenburg † (1332-circa 28 de noviembre de 1346 falleció)
Arnold † (4 giugno 1347-circa 29 de enero de 1360 falleció)
Nikolaus von Radam † (20 de abril de 1360-27 de noviembre de 1376 falleció)
Johann Mönch † (16 de febrero de 1378-7 de marzo de 1409 falleció)
Johann Rymann † (24 de julio de 1409-4 de septiembre de 1417 falleció)
Gerhard Stolpmann † (9 de mayo de 1418-22 de julio de 1427 falleció)
Johann von Heilsberg † (13 de octubre de 1427-18 de julio? de 1440 falleció)
Kaspar Lincke † (1440-28 de octubre de 1463 falleció)
Nikolaus, O.T. † (18 de julio de 1466-? renunció) (obispo electo)
Vincenz Kielbasa † (1 de abril de 1467-11 de mayo de 1479 falleció) (administrador apostólico)
Johann Christian von Lessen † (14 de abril de 1480-10 de abril de 1501 falleció)
Hiob von Dobeneck, O.T. † (27 de agosto de 1501-25 de mayo de 1521 falleció)
Achille Grassi † (9 de agosto de 1521-22 de noviembre de 1523 falleció) (administrador apostólico)
Niccolò Ridolfi † (22 de noviembre de 1523-?) (administrador apostólico)
Erhard von Queis † (10 de septiembre de 1523-1524 apóstata) (no tuvo confirmación papal y a finales de 1924 reformó la diócesis)