Nació como Daniele Fonseca y fue el tercer hijo de Pietro Antonio Fonseca (1762--1829) y Anna Maria Bellotto (algunos historiadores aseguran que el apellido de la familia era Medina).[1][2][3][4]
La familia del padre tenía orígenes judíos: el padre se convirtió al catolicismo, asumiendo el apellido del padrino de bautizo, un hermano del conocido Ludovico Manin, último dux de la República de Venecia.[5] Sin embargo, algunos historiadores afirman que el que se convirtió fue el abuelo y no el padre de Manin, y que el nombre hebraico de la familia era Medina y no Fonseca.[6][7][8][9][10]
↑«MANIN, Daniele in "Dizionario Biografico"». www.treccani.it(en it-IT). Consultado el 9 de septiembre de 2017. «Il nonno paterno, di origine veronese e di religione ebraica, si chiamava in realtà Samuele Medina: convertitosi al cattolicesimo con la moglie Allegra Moravia nell'aprile del 1759, aveva scelto, come usava, il cognome della famiglia aristocratica che lo aveva preso a protezione, i Manin, e in specie il nome del padrino di battesimo, l'ultimo doge della Serenissima, Ludovico. La nonna del Manin mutò invece il suo nome in quello di Cornelia Balbi-Porto.»
