Se constituyó por primera vez en abril de 1987 con treinta y cuatro miembros, formada con el mismo número que corresponde a los representantes de las comunidades autónomas y los representantes de la Administración General del Estado. El funcionamiento se realiza en Pleno, en Comisión Delegada, Comisiones técnicas y Grupos de Trabajo. Los Plenos son convocados por el presidente o por un tercio de sus miembros. Se reúnen por lo menos cuatro veces al año y a ella acuden los consejeros de salud de las comunidades autónomas, siendo el órgano con más alto nivel. El segundo nivel lo representa la Comisión Delegada, presidida por el Secretario de Estado de Sanidad.
Los acuerdos se realizan por consenso, es decir, por acuerdo favorable de todos sus miembros, Gobierno y autonomías. De lo contrario, son solo recomendaciones sin fuerza jurídica vinculante.
Actual Consejo Interterritorial del SNS
Composición actual del Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud a fecha de 2 de diciembre de 2023:
Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud
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