Suele considerarse a José Abascal, en su juventud encargado de un taller de cantería familiar en Pontones (Cantabria) y alcalde de Madrid entre 1881-83 y 1885-89, como uno de los principales promotores de la Necrópolis del Este de Madrid. Fue aprobada el 31 de octubre de 1879, pero su construcción no concluyó hasta 1925. Inaugurada en 1884 como "Cementerio de Epidemias" a raíz de una mortífera epidemia de cólera, fue absorbiendo al resto de los camposantos de la capital española. Así, desde septiembre de 1884 se fueron clausurando siete de los once cementerios existentes en Madrid y se conservaron tan solo los de San Isidro, San Justo, Santa María y San Lorenzo.
Una Real Orden de 12 de mayo de 1849 aprobó el reglamento del nuevo cementerio del Este en la capital de España. El recinto, en principio triangular y separado de la nueva necrópolis por la carretera de Vicálvaro, se inauguró con asistencia del rey Alfonso XIII, el gobernador civil y el alcalde de Madrid. Ese mismo día se enterró a Maravilla Leal González, muerta con solo veinte años de edad a consecuencia de un supuesto suicidio. Desde su creación albergó tumbas, panteones y mausoleos dedicados a librepensadores, ateos, sindicalistas, heterodoxos religiosos de la Iglesia Española Reformada, protestantes, masones e incluso judíos, a pesar de la existencia de un recinto propio separado.
Julián Besteiro: enterrado en Carmona en 1940 y traído a Madrid en 1960.[3]
En el cementerio existen diversas obras escultóricas de Emiliano Barral, hasta el punto de haber sido descrito como un «museo al aire libre» de este artista.[4]
En su origen, la inhumación en el cementerio civil era una declaración final de intenciones por parte de la persona enterrada y su familia, y fue considerada por los sectores conservadores y religiosos católicos de la sociedad española como un insulto o un reto.
La creación de cementerios civiles en España parte de la Real Orden de 2 de abril de 1883. Ésta establecía que en los ayuntamientos que fuesen cabeza de partido judicial y en aquellos con más de 600 vecinos se habilitara junto al camposanto católico, otro con entrada independiente para difuntos no católicos. Siguiendo esta pauta, el Cementerio Civil madrileño daría sepultura y guardaría memoria de liberales, renovadores, inconformistas y personas contrarias al rito católico (tanto por ideología como por confesión), así como de otros sectores de la vida y el pensamiento español, además de masones y protestantes.
La constitución española de 1978 eliminó la exclusividad de las inhumaciones para personas católicas en cementerios de titularidad pública. A partir de entonces cualquier persona podía ser enterrada en los cementerios municipales (para todos los ciudadanos, no sólo para los católicos), con independencia de su confesión religiosa. Esto provocó un cambio en el estatus funcional del Cementerio Civil, que pasó a ser un espacio histórico.[8]