La diversidad es muy alta, con 3.500 especies. Los Pirineos se encuentran en la frontera entre las regiones biogeográficas euro-siberianas y mediterráneas y se dividen en tres grandes sectores bioclimáticos. La parte occidental se ve afectada por los flujos de aire fresco y húmedo del Atlántico, el sector continental central por el clima frío y seco, y la sección oriental por la influencia mediterránea cálida y seca. También se caracterizan por una gran diversidad en las capas altitudinales de los tipos de bosque. Las áreas bajas de piedra caliza tienen un tipo de vegetación mediterránea, donde predomina una mezcla de especies de hoja perenne (principalmente Quercus ilex) y caducifolio (Quercus faginea, Quercus pubescens, Tilia platiphyllos, Acer opalus), mientras que el alcornoque y el pino piñonero forman grandes lechos sobre sustratos silíceos en el extremo oriental, cerca del Mediterráneo. La altitud media alberga bosques mixtos de hoja caduca (Quercus petraea, Quercus pubescens, Fagus sylvatica) y bosques de pino silvestre y pino salgareño, así como reliquias de bosques de enebro (Juniperus thurifera). Las altas montañas se componen principalmente de una mezcla de haya común y abeto blanco, así como de pino negro en las regiones continentales del interior. Por encima de la línea de árboles están finalmente las áreas de pradera alpina que albergan muchas especies endémicas.
Fauna
Entre las especies amenazadas se encuentran el oso pardo (Ursus arctos) y el quebrantahuesos (Gypaetus)