Berthold von Stauffenfenberg fue junto con su hermano gemelo Alexander Schenk Graf von Stauffenberg el mayor de los cuatro hermanos de la familia de la alta aristocracia prusiana formada por el conde Alfred Schenk Graf von Stauffenberg y la condesa Caroline née von Üxküll-Gyllenband. El tercer hermano, llamado Konrad Maria falleció al nacer, Claus fue su tercer hermano nacido en Jettinger en 1907.
Berthold von Stauffenfenberg, junto a sus hermanos, pertenecieron al Movimiento de la Juventud Alemana y al círculo íntimo del poeta Stefan George.
Estudió leyes en la Universidad de Tübingen y se graduó como jurista en Derecho Internacional y posteriormente fue docente en el Instituto Kaiser Wilhelm en su especialidad.
Su tío, Nikolaus Graf von Üxküll-Gyllenband, fue uno de los primeros miembros de la familia en unirse a la resistencia alemana. Después de la Noche de los Cuchillos Largos, se unió a la resistencia alemana junto a su primo Peter Yorck von Wartenburg.[1] Su hermano Claus sólo se uniría a la facción militar conspirativa en 1943 tras ser herido de gravedad en combate en África.
En 1939, se unió como asesor jurídico (juez de competencia militar) en Derecho Internacional a la Armada alemana. Berthold junto a su hermano se unieron a los conspiradores contra Hitler para planificar un atentado. Berthold estaba a favor de derrocar al gobierno de Hitler y no estaba de acuerdo con asesinarlo, al contrario de la radical forma de pensar de su hermano, el coronel Claus von Stauffenberg.
Después del atentado del 20 de julio, Berthold von Stauffenberg fue detenido por la policía alemana ese mismo día. Mientras la Gestapo interrogaba a Berthold, su hermano Claus era fusilado por orden del general Fromm en un patio interior del Bendlerblock.
Fue incluido dentro del Volksgerichtshof (Tribunal de Pueblo) presidido por el infame juez Roland Freisler y condenado a la horca el 10 de agosto de 1944.