Al año siguiente debutó en GP3 Series con el equipo ART. Ese año consiguió 4 podios y terminó 4º en el campeonato de pilotos, detrás de tres pilotos que ascendieron a Fórmula 2 en 2018. Al año siguiente ganó el campeonato con más de 10 podios en 18 carreras y 2 competencias ganadas, sobre el ruso Mazepin (a 16 puntos) y el británico Ilott (a 47).[1] En 2019 hizo su debut en Fórmula 2 con el equipo Arden International. En dicha categoría ganó dos competencias, en Mónaco y Le Castellet.[2] Ese año también ingresó a la Academia de Renault Sport.[3]
Falleció en un accidente el 31 de agosto de 2019 en el circuito de Spa-Francorchamps, durante una carrera del Campeonato de Fórmula 2 de la FIA. Hubert se salió de pista tras el trompo delante de él de Giuliano Alesi a la salida de Eau Rouge, golpeó las barreras de protección y fue impactado lateralmente por el piloto estadounidense-ecuatoriano Juan Manuel Correa. Ambos fueron trasladados al centro médico del autódromo, pero el francés falleció a causa de las heridas a casi dos horas del accidente.[4][5][6][7] Correa fue trasladado estable a las pocas horas a un hospital en Lieja.[8]
El 11 de diciembre, la Fórmula 2 introdujo el «Premio Anthoine Hubert» en su honor, que es otorgado al mejor novato de la temporada.[10] El piloto Guanyu Zhou fue el ganador de la edición inaugural.[11]
↑«2016 Championship - FIA-F3». FIA Formula 3 European Championship(en inglés estadounidense). Archivado desde el original el 15 de septiembre de 2018. Consultado el 25 de septiembre de 2018.