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El cargo de Abad en la Iglesia de los Santos Justo y Pastor de Alcalá de Henares se remonta al siglo XIII, y era la máxima dignidad eclesiástica de la ciudad. Su figura tuvo especial relevancia al sumársele el oficio de Canciller o Cancelario de la Universidad de Alcalá, entre los siglos XVI y XIX.

Iglesia (1254-1479)

La Iglesia de los Santos Justo y Pastor se construyó en el año 414, sobre el lugar donde fueron ejecutados los Santos Niños, para albergar y venerar sus restos. Entre 1254 y 1261 se creó el cargo eclesiástico de abad, mediante una bula del papa Alejandro IV. Esta dignidad se elegía anualmente entre el "cabildo de los clérigos de la villa", cuya principal función era representar a todo el clero existente en la población.^[1]^[2]

Colegiata (1479-1519)

El 12 de octubre de 1479, mediante bula del papa Sixto IV, la iglesia se erige en Colegiata por petición del arzobispo de Toledo Alonso Carrillo de Acuña.^[3] Para su cabildo colegial se crean cinco dignidades (abad, capellán mayor, maestrescuela, tesorero y chantre) doce canonjías o canónigos y seis beneficiados o racioneros. El abad era la máxima dignidad eclesiástica de la ciudad, y ostentaba una serie de privilegios similares a las preeminencias que el deán de la Catedral de Toledo, que era la cabeza de la archidiócesis. El nombramiento del abad era responsabilidad exclusiva de los arzobispos de Toledo, potestad que se conservó hasta el Concordato de 1851. La dignidad abacial se mantenía hasta su fallecimiento, o por renuncia para acceder a otra dignidad eclesiástica de mayor rango.^[4]

Orden	Periodo	Nombre	Observaciones
1	1479 - 1492	Tomás de Cuenca	Primer abad colegial
2	1492 - 1508	Alfonso Romero de Herrera	Enviado a Roma por Cisneros para obtener las bulas fundacionales de la Universidad. No pudo ejercer de canciller al morir en Alcalá de Henares en 1508.

Magistral (1519-1831)

El Cardenal Cisneros fundó la Universidad Complutense o de Alcalá mediante tres bulas pontificias, concedidas por el papa Alejandro VI el 13 de abril de 1499.^[5]^[6]^[7]^[8]

Por bula del papa León X, de 10 de marzo de 1519, la Colegiata de Alcalá de Henares adquirió la categoría de "Iglesia Magistral". Por lo que los abades de San Justo y Pastor desempeñaron el cargo de Cancelarios o Cancilleres en el Colegio Mayor de San Ildefonso de la Universidad de Alcalá. Cisneros asumió la costumbre europea, según la cual los cancilleres de las universidades eran la máxima autoridad de la iglesia principal existente en la ciudad donde había estudios superiores. Así, se establece una intervención directa de la Iglesia Católica en la Universidad.

Tras el rector, el canciller era la siguiente figura universitaria en importancia. El primero se elegía anualmente entre los alumnos del Colegio Mayor; sin embargo el segundo era un cargo vitalicio del cabildo colegial. La función del canciller era otorgar los grados académicos universitarios por la autoridad apostólica que ostentaba, pero aparentemente no estaba bien especificada ni delimitada en las constituciones del Colegio Mayor de San Ildefonso. Por lo que, con el tiempo, dio lugar a enfrentamientos entre el rector y el cancelario, sobre todo al buscar la Universidad la independencia del rígido magisterio de la jerarquía eclesiástica.

El abad-canciller disfrutaba de importantes rentas económicas, constituidas por prebendas y beneficios eclesiásticos inherentes al cargo abacial, las "propinas" y emolumentos universitarios por razón del oficio de cancelario, y las rentas personales por fortuna de su linaje o por otras actividades eclesiásticas o universitarias.

Durante este periodo todos los abades de la Iglesia Magistral de los Santos Niños fueron cancilleres hasta el 29 de marzo de 1831, en que un breve del papa Gregorio XVI suprimió los cancelarios en España.^[9] ^[10]

Orden	Periodo	Nombre	Observaciones
1	1508 - 1535	Pedro de Lerma	Primer abad-canciller. Decano de la Facultad de Teología. Cesó el 27/01/1535.
2	1535 - 1558	Luis de la Cadena	Sobrino de su antecesor. Tomó posesión el 20/02/1535.
3	1558 - 1569	Fernando de Balbás Hernando Balbás	Tomó posesión el 04/04/1558. Falleció en Alcalá de Henares en 1569
4	1569 - 1571	Pedro de Balbás	Sobrino de su antecesor. Decano de la Facultad de Teología. Tomó posesión el 21/12/1569. Falleció en Alcalá de Henares en enero de 1572
5	1572	Pedro Calvo de Agés	Tomó posesión el 15/05/1572.
6	1573 - 1577	Pedro Serrano Téllez	Tomó posesión el 11/04/1573. Posteriormente obispo de Coria
7	1577 - 1584	Antonio de Torres	Tomó posesión el 23/12/1577. Posteriormente obispo de Astorga
8	1584 - 1588	Andrés Pacheco	Tomó posesión el 25/05/1584. Posteriormente obispo de Segovia y de Cuenca
9	1588 - 1592	Francisco Sánchez Páez	Decano de la Facultad de Teología. Tomó posesión el 30/05/1588. Falleció en Alcalá de Henares en 1592
10	1593 - 1611	Juan Bautista Neroni	Tomó posesión el 30/01/1593.
11	1611 - 1632	Bernardino de Ávila y Vera	Tomó posesión el 29/05/1611. Falleció el 06/05/1632
12	1634 - 1637	Jerónimo de Santa Cruz y Fajardo	Tomó posesión el 23/03/1634. Falleció en Alcalá de Henares el 12/10/1637
13	1638 - 1654	Fernando de Ballesteros y Saavedra	Tuvo un sobrino con idéntico nombre. Tomó posesión el 23/01/1638. Falleció en Alcalá de Henares el 27/11/1654
14	1655 - 1660	Juan de Narbona	Tomó posesión el 04/05/1655. Falleció en Alcalá de Henares el 07/11/1660
15	1660 - 1681	José Beno de Rey	Tomó posesión el 25/11/1660. Falleció en Alcalá de Henares el 30/08/1681
16	1681	Miguel Pérez de Ceballos	Tomó posesión el 19/09/1681. Falleció el 02/10/1681
17	1682 - 1695	Roque Fernando de Porras	Tomó posesión por procurador el 03/02/1682.
18	1695 - 1699	Andrés de Pitillas y Ruesga	Tomó posesión el 21/11/1695.
19	1699 - 1713	Juan Antonio Caldera Rodríguez	Falleció en Alcalá de Henares en febrero de 1713
20	1713 - 1720	José de Yermo y Santibáñez	Tomó posesión el 23/04/1713.
21	1720 - 1729	Tomás Ezquerra	Falleció en Alcalá de Henares en abril de 1729
22	1729 - 1733	Francisco Lozano Román	Falleció en Alcalá de Henares en diciembre de 1733
23	1734 - 1749	Pablo Gutiérrez Dávila	Falleció en Alcalá de Henares en enero de 1749
24	1749 - 1770	Santiago Gómez Falcón	Tomó posesión el 19/04/1749. Falleció en Alcalá de Henares el 04/12/1770
25	1771	Francisco Bernardo Muñoz y Blasco	Falleció en Alcalá de Henares en enero de 1771
26	1771 - 1775	Nicolás de Echevarría y Pardo	Falleció en Alcalá de Henares el 29/11/1775
27	1776 - 1796	Pedro Díaz de Rojas	También fue rector de la Universidad de Alcalá. Falleció en Alcalá de Henares el 02/05/1796.
28	1796 - 1801	Pedro Antonio de la Torre y Herrera	Falleció en Alcalá de Henares en septiembre de 1801
29	1801 - 1806	Juan de Atienza	Falleció en Alcalá de Henares en diciembre de 1806
30	1806 - 1830	José García Sánchez	Falleció en Alcalá de Henares en abril de 1830
31	1830 - 1848	Bernardo García Sánchez	Su último acto como canciller universitario fue el 13/03/1832.

Catedral Magistral

En 1991 se refundó la Diócesis de Alcalá de Henares mediante una bula del papa Juan Pablo II.^[11] Monseñor Mario Tagliaferri, como nuncio en España, ejecutó el decreto de creación de la nueva diócesis. Fue nombrado primer obispo de esta nueva etapa Manuel Ureña Pastor, que tomó posesión de la nueva sede el 13 de octubre de 1991, siendo elevada ese mismo día la iglesia Magistral al rango de Catedral.

Orden	Periodo	Nombre^[12]	Observaciones
1	1848 - 1882	....
2	1883 - 1902	Ramón Sarrión Gómez
3	1902 - 1905	Ramón Guerra
4	1906 - 1930	Manuel Fernández Díaz
5	1931 - 1936	Julián Fernández Díaz	Fusilado en Sigüenza en julio de 1936
6	1939 - 1941	José Utrera Martínez
7	1941 - 1961	Francisco Herrero García
8	1962 - 1975	Doroteo Fernández Ruiz
9	1977 - 1979	Juan José Jiménez Medina
10	1979 - 1988	Pedro Heredia López
11	1988 - 1999	Juan Sánchez Díaz
12	1999 - 2004	Isidoro Pérez Montero
13	2004 -	....