La kastelurbeto, kiu posedis la relative malofte ricevitan merkatrajton, estis la unuan fojon skribe menciita en dokumento el la jaro 1289.
En mezepoko Werdenberg estis la sidejo de la Grafoj de Werdenberg-Heiligenberg, kiuj estis la regantoj de la Grafejo Werdenberg. La nobela familio de la Grafoj de Werdenberg dividiĝis en la jaro 1277 en diversajn flankajn liniojn, la Grafejo Werdenberg mem restis posedaĵo de la linio de la Grafoj de Werdenberg-Heiligenberg.
En la jaro 1402 la Grafoj de Werdenberg-Heiligenberg pandigis la Grafejon Werdenberg an la Grafoj de Montfort-Tettnang, de kiuj la Grafejo transiris en la jaro 1483 al la Grafoj de Sax-Misox. En la jaro 1485 la urbo Lucerno aĉetis la Grafejon kaj transdonis ĝin 1493 al la Libersinjoroj de Kastelwart. Per civitanrajto en Lucerno la Grafejo tamen restis ligita kun la Svisa Ĵurkomunumo ankaŭ post nova posedantŝanĝo al la Libersinjoroj de Hewen. Tiel en la Ŝvaba Milito Werdenberg luktis por la Svisa Ĵurkomunumo. En la jaro 1517 la Libersinjoroj de Hewen vendis Werdenberg por 21500 guldenoj al la Kantono Glaruso, kies tiranaj voktoj administris la Grafejon ĝis la Helveta Revolucio en la jaro 1798. Werdenberg tiam fariĝis por 5 jaroj partoj de la helveta Kantono Linth, kaj poste en la jaro 1803 estis aligita al la komunumo Grabs.