Dum ĉiu urba incendio Sankta Nikolao estis damaĝita - pli aŭ malpli. La gotikakorusejo ekestis post la incendio de 1386. Ekstreme gravajn damaĝojn kaŭzis la urba incendio en 1484. Post ĉi fajro konstruiĝis en stilo de la malfrua gotiko la longa halo kaj la sakristio ĉe la norda flanko de la korusejo. La sakristion ornamas retoforma ripovolbaĵo. En la jaro 1578 la interna spaco de la preĝejo ricevis kasonan plafonon. Ĝis tiam ĝi estis malferma ĝis la suba flanko de la tegmento. Probable ĉirkaŭ 1530 oni plialtigis la du okcidentajn turojn.
Preĝejo Sankta Nikolao estis la unua diodomo de Freiberg en kiun eniris la reformacio. Jam 1533 ĉi tie oni publike laŭtlegis libere kaj senĝene el la notoj de Marteno Lutero.