Por ricevi la plej bonan eblan subtenon en la antikvaj lingvoj, li estis translokiĝinta de lia patro al Zuriko en la aĝo de 13 jaroj por du jaroj, kiel studento de la bonega filologo Johann Caspar Schweizer (Suicerus), kaj pasis sian filozofian ekzamenon kun honoroj, en 1663.
En la latina kaj en la greka, Wettstein studis ĝisplene. Li studis teologion dum kvar jaroj kun Lukas Gernler (1625-1675), Johannes Zwinger (1634-1696) kaj lia patro ekzamenis lian disertaĵon "Ueber die Rechtfertigung des Sünders vor Gott" ("Pri la pravigo de la pekulo antaŭ Dio"), kaj iĝis kandidato en 3-a de julio 1668.
Unu jaron pli malfrue li kaŭzis eksciton ne nur organizante disputon, ekzemple, la teksto estis skribita en la greka, sed kiam unu el la kontraŭuloj volis embarasi lin per amaso da nekutimaj vortoj, li tuj prenis tiujn vortojn kaj klarigis iliajn originojn kaj signifojn. Por venĝi kontraŭ sia kontraŭulo, Wettstein sugestis, ke li volas daŭrigi la disputon en la greka, kaj kvankam ĉi-lasta estis unu el la plej bonaj "greka lernanto", tamen li rifuzis. Wettsetin tiam ripetadis kaj respondadis al ĉiu el siaj latinaj frazoj greke.
Post studvojaĝo al Svislando, Francio, Anglio, Belgio, Nederlando kaj Germanio, en kiu li vizitadis bibliotekojn ĉien kaj kolektis orientajn fragmentojn. En 1670 li iĝis Profesoro pri Logiko, pri elokventeco en la 19-a de septembro 1673, pri la greka lingvo en la 1-a de aprilo 1684. En la 2-a de junio 1685 li ricevis sian doktoriĝon en la Universitato de Bazelo. En la 15-a de septembro 1696 li iĝis profesoro pri la Malnova Testamento, kaj en la 5-a de oktobro 1703 profesoro pri la Nova Testamento. Li estis rektoro de la universitato tri fojojn en 1689, 1701 kaj 1709. Li mortis pro pneumonio la 21-an de aprilo 1711.