Arkeologoj evidentigis, ke la ejo estis uzita dum almenaŭ la lastaj 8.000 jaroj.
Robert Campbell starigis apude komercejon de la Kompanio de la Hudsona Golfo en 1848. Komence de 1852 li translokigis la komercejon al la nuna ejo. Ĉilkatoj (Tlingitoj), minacitaj en sia tradicia komerco kun la internlandaj Atabaskoj, atakis kaj detruis la fortikaĵon. 40 jarojn poste ĝi estis rekonstruita kaj iĝis grava provizumejo laŭ la Jukono.
Ĝi estis forlasita meze de la 1950-aj jaroj post konstruo de la preterpasanta Klondike Highway, kiam la rivertrafiko ĉesis.
Turismo
Multaj konstruaĵoj estis renovigitaj kaj la historia parko de Fort Selkirk apartenas nun al la Selkirkoj. Ne ekzistas perlanda alirvojo, la plej multaj turistoj alvenis per aviadilo aŭ per boato.