La fakultato de medicino de la Masaryk-Universitato fondiĝis en la jaro 1919, kune kun la fakultato de juro kiel la du unuaj fakultatoj de la Masaryk-Universitato en Brno. Ĉar la fakultato de juro ne ekzistis inter la jaroj 1950 kaj 1969, la fakultato de medicino estas la plej longe ekzistanta fakultato de la Masaryk-Universitato. Ĝi estas ankaŭ konata per sia vasta propono de kursoj instruataj en la angla lingvo, kiujn utiligas pluraj eksterlandaj studentoj.
