Ήταν υποψήφιος για τον πριγκιπικό θρόνο της Βουλγαρίας, αλλά τελικά ο πριγκιπικός θρόνος δόθηκε στον δευτερότοκο αδελφό του, Αλέξανδρο.[3] Καθώς ο Αλέξανδρος ήταν ανύπαντρος και δεν είχε νόμιμα τέκνα εκείνη την περίοδο, ο Φραγκίσκος Ιωσήφ θεωρείτο διάδοχος του θρόνου. Ο Φραγκίσκος Ιωσήφ ακολούθησε τον αδελφό του στη Βουλγαρία, όπου ορίστηκε συνταγματάρχης του Ιππικού.[4]
Σε αντίθεση με τους αδελφούς του, είχε κλίση στην επιστήμη και επεδίωξε ακαδημαϊκή καριέρα. Το 1891 εξέδωσε την Οικονομική ιστορία της Βουλγαρίας, αφιερωμένη στον αδελφό του.[5]
Σε μία οικογενειακή συγκέντρωση στο Λονδίνο το 1894 συνάντησε την Κονσουέλο Βάντερμπιλτ, κόρη του εξαιρετικά πλούσιου μεγιστάνα των σιδηροδρόμων των ΗΠΑ Ουίλλιαμ Κίσσαμ Βάντερμπιλτ, και του άρεσε. Της έκανε πρόταση γάμου, αλλά δεν της άρεσε και αρνήθηκε την πρότασή του.[3][6]
Κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων συμμετείχε στη μάχη ως συνταγματάρχης. Με το ξέσπασμα του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου, μετακόμισε στην Ελβετία, όπου έμεινε έως το θάνατό του το 1924 σε ηλικία 62 ετών.
