Ξεκίνησε το ποδόσφαιρο από τους ερασιτέχνες του Πανιωνίου. Έκανε το ντεμπούτο του στην Α΄ Εθνική στις 27 Ιανουαρίου 1991 ως ερασιτέχνης, όταν ο Πανιώνιος έβαλε την ερασιτεχνική του ομάδα τη 16η αγωνιστική απέναντι στον Παναθηναϊκό. Το ίδιο έτος εντάχθηκε στην επαγγελματική ομάδα.
Αγωνίστηκε στον Πανιώνιο ως το τέλος του 1998, κατακτώντας μαζί του το κύπελλο Ελλάδας (1997-98). Στη συνέχεια αγωνίστηκε στον Παναθηναϊκό ως το 2003, στην πορτογαλική Μπενφίκα (2004-05) και στη σκωτσέζικη Χαρτς (2005-07). Το 2007 επανήλθε στον Παναθηναϊκό και τον Ιούλιο του 2008 αποφάσισε να αποσυρθεί από την ενεργό δράση, σε ηλικία 35 ετών.
Στην εθνική Ελλάδος
Το ντεμπούτο του με την Ελλάδα πραγματοποιήθηκε στις 3 Φεβρουαρίου 1999, στη φιλική αναμέτρηση εναντίον της Φινλανδίας στην Κύπρο. Συνολικά με τη γαλανόλευκη φανέλα αγωνίστηκε 60 φορές και σημείωσε 4 τέρματα.
Κορυφαία στιγμή της καριέρας του υπήρξε η κατάκτηση του Euro 2004 στην Πορτογαλία, όπου αγωνίστηκε και στους έξι αγώνες της Ελλάδας. Ήταν επίσης μέλος της ομάδας που συμμετείχε στο Κύπελλο Συνομοσπονδιών το 2005 στη Γερμανία.
Καριέρα τεχνικού διευθυντή
Μετά την αποχώρησή του από την ενεργό δράση συνέχισε να βρίσκεται στον χώρο του ποδοσφαίρου από τη θέση του τεχνικού διευθυντή των εθνικών ομάδων Ανδρών και Ελπίδων της Ελλάδας. Με την έλευση του Κλαούντιο Ρανιέρι στην τεχνική ηγεσία της Ελλάδας το συμβόλαιο του Φύσσα (που έληξε την 1η Αυγούστου 2014) δεν ανανεώθηκε[1][2] και μερικές ημέρες αργότερα ανακοινώθηκε η έναρξη της συνεργασίας του με τον Παναθηναϊκό ως Διευθυντής Ποδοσφαίρου, επιστρέφοντας στους "πράσινους" έπειτα από 6,5 χρόνια,[3] θέση από την οποία αποχώρησε τον Φεβρουάριο του 2016,[4] για να επιστρέψει μερικούς μήνες αργότερα, τον Δεκέμβριο του 2016, αναλαμβάνοντας ως Διευθυντής των ακαδημιών του συλλόγου.[5]
