Το λήμμα παραθέτει τις πηγές του αόριστα, χωρίς παραπομπές.Βοηθήστε συνδέοντας το κείμενο με τις πηγές χρησιμοποιώντας παραπομπές, ώστε να είναι επαληθεύσιμο.
Το πρότυπο τοποθετήθηκε χωρίς ημερομηνία. Για τη σημερινή ημερομηνία χρησιμοποιήστε: {{χωρίς παραπομπές|6|01|2025}}
Το 1340, όταν πέθανε ο Βασίλειος (πιθανότατα δηλητηριάστηκε από την ίδια), ανέλαβε τον θρόνο και φρόντισε αμέσως να εξορίσει στην Κωνσταντινούπολη την ερωμένη τού συζύγου της μαζί με τα παιδιά της από τον ίδιο. Επίσης ζήτησε από τον πατέρα της να της στείλει έναν σύζυγο, ο οποίος θα αναλάμβανε και τη διακυβέρνηση της Τραπεζούντας της. Η Ειρήνη με την υποστήριξη επιφανών οικογενειών (όπως των Αμυτζαράντων) προσπάθησε να εδραιώσει την εξουσία της, η αντίδραση όμως σε αυτές τις ενέργειες ήταν άμεση. Οι αντίπαλοι της Ειρήνης κατέλαβαν το συγκρότημα του μητροπολιτικού ναού του αγίου Ευγενίου (του πολιούχου της Τραπεζούντας) και ο ευνούχος Ιωάννης, που ήταν οπαδός της Ειρήνης και είχε ονομαστεί μέγας δουξ, επιτέθηκε με ισχυρές δυνάμεις εναντίον του εκκλησιαστικού συγκροτήματος. Το αποτέλεσμα ήταν να το καταστρέψει και να σκοτώσει τους αντιπάλους της Αυτοκράτειρας, που είχαν καταφύγει μέσα.
Αν και η συγκεκριμένη εξέγερση πνίγηκε στο αίμα, οι αντιδράσεις κατά της Παλαιολογίνας δεν έπαυσαν. Η κόρη τού Αλέξιου Β΄, η Άννα Αναχουτλού εγκατέλειψε τον μοναχικό βίο, που είχε ασπαστεί και κατέφυγε στα ορεινά εδάφη της Αυτοκρατορίας, όπου και ίδρυσε εστία αντιστάσεως.
Εξωτερική απειλή
Οι εμφύλια διαμάχη έδωσε την ευκαιρία στους Τουρκομάνους της Άμιδας (Ντιγιαρμπακίρ) να επιτεθούν δύο φορές στην Τραπεζούντα. Την πρώτη κατάφεραν να απωθήσουν την επίθεση, όμως τη δεύτερη οι απώλειες μεταξύ των αμάχων ήταν μεγάλες και το μεγαλύτερο μέρος της πόλης κάηκε. Τελικά η πόλη δεν καταλήφθηκε, παρ' όλη την καταστροφή που υπέστη.
Επιστροφή στην Κωνσταντινούπολη
Τελικά, η αντίθεση των Τραπεζούντιων, η καταστροφή της πόλης και η αντίσταση της Άννας ανάγκασαν την Ειρήνη να εγκαταλείψει την εξουσία στις 17 Ιουλίου 1341. Επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη, όπου δεν διασώζονται άλλες πληροφορίες για το πρόσωπό της στο εξής. Η Άννα Αναχουτλού έγινε αυτοκράτειρα της Τραπεζούντας (1341-42).
Οικογένεια
Παντρεύτηκε τον Βασίλειο Μέγα Κομνηνό αυτοκράτορα της Τραπεζούντας· δεν αποκτούσαν τέκνα. Ο Βασίλειος από την ερωμένη του Ειρήνη της Τραπεζούντας απέκτησε τέσσερα και το 1339 τη νυμφεύτηκε σε δεύτερο γάμο. Επειδή ζούσε ακόμη η Ειρήνη Παλαιολογίνα, ο Βασίλειος θεωρήθηκε δίγαμος.