Tην περίοδο 2006–07, η Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Θεσσαλίας ήταν η διοργανώτρια αρχή, υπεύθυνη για τη διεξαγωγή των καθιερωμένων ποδοσφαιρικών διοργανώσεων, του κυπέλλου και του πρωταθλήματος, στο νομό Μαγνησίας, με στόχο την άνοδο στη Δ΄ Εθνική ερασιτεχνική κατηγορία. Ο θεσμός του κυπέλλου 2006-07, αποτέλεσε ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η κυπελλούχος ΕΠΣ Θεσσαλίας, απέκτησε το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.
Για την περίοδο 2006–07 [1], η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Θεσσαλίας ήταν: 16 ομάδες σε καθε μία απο τις τρεις κατηγορίες.
A΄ Κατηγορία
Ο Θησέας είχε πανηγυρίσει το πρωτάθλημα με προπονητή τον Νίκο Χατζηκυριακίδη. Tερμάτισε πρώτος, αήττητος εκτός έδρας, με 85 βαθμούς (26 -7 -1), αφήνοντας 2ο τον Κένταυρο (77 β.) και 3ο τον Μαγνησιακό (75 β.).[2]
Ο πρώτοι σκόρερ ήταν o Γιώργος Τσαντόπουλος (Κένταυρος) 30.[3]