Το 1996 ο Μητρόπουλος θα αποχωρήσει από το ΠΑΣΟΚ, διαφωνώντας για άλλη μια φορά με την κυβερνητική πολιτική του, για να προσχωρήσει στο νεοϊδρυθέν Δημοκρατικό Κοινωνικό Κίνημα. Στις εκλογές του 1996 ήταν υποψήφιος με το ΔΗΚΚΙ, χωρίς ωστόσο να καταφέρει να εκλεγεί. Στα τέλη της δεκαετίας του '90 θα επανέλθει στο ΠΑΣΟΚ. Εντούτοις, θα συνεχίσει να διαφωνεί με την πολιτική του, κυρίως με την ένταξη της Ελλάδας στην Οικονομική και Νομισματική Ένωση, συμμετέχοντας ενεργά στην Επιτροπή δημοψηφίσματος του Μάαστριχτ μαζί με άλλες αριστερές δυνάμεις και προσωπικότητες που διαφωνούσαν με τις κατευθύνσεις της συνθήκης του Μάαστριχτ.[5][6]
Τοπική Αυτοδιοίκηση και εναντίωση στο Μνημόνιο
Το 2010 ο Αλέξης Μητρόπουλος εκφράζει τη νέα διαφωνία του με την κυβέρνησηΓιώργου Παπανδρέου. Αποφασίζει -παρά την ιδιότητά του ως μέλος του Εθνικού Συμβουλίου του ΠΑΣΟΚ- να συμμετάσχει στις δημοτικές και περιφερειακές εκλογές με το συνδυασμό Αττική Συνεργασία-Όχι στο Μνημόνιο, υποστηριζόμενος από το Συνασπισμό και από αριστερές συσπειρώσεις προερχόμενες από το ΠΑΣΟΚ[7], αποσπώντας ποσοστό 6,23%.[8] Παράλληλα διαγράφεται από το ΠΑΣΟΚ[9]. Το Νοέμβριο της ίδιας χρονιάς θα συμμετάσχει στην ίδρυση της Ένωσης για την Υπεράσπιση της Εργασίας και του Κοινωνικού Κράτους.[10]
Εξελέγη βουλευτής με τον ΣΥΡΙΖΑ, τόσο στις δύο εκλογικές αναμετρήσεις του 2012 όσο και σε αυτή του Ιανουαρίου του 2015.[13] Κατά τη διάρκεια της βουλευτικής του θητείας, ήταν μέλος διαφόρων επιτροπών της Βουλής[14], ενώ την περίοδο μεταξύ 6 Φεβρουαρίου 2015 και 3 Οκτωβρίου 2015 διετέλεσε Α΄ Αντιπρόεδρος της Βουλής.[15] Όμως στις εκλογές του Σεπτεμβρίου 2015 έμεινε εκτός των λιστών του ΣΥΡΙΖΑ, λόγω της διαφωνίας που είχε στη στήριξη και υπερψήφιση νομοσχεδίων που έφερε στη Βουλή η κυβέρνηση, αλλά και εξαιτίας περίπτωσης φοροδιαφυγής για την οποία κατηγορήθηκε.[16] Λίγους μήνες αργότερα, τον Δεκέμβριο του 2015, η Εισαγγελέας Πρωτοδικών Ελένη Τουλουπάκη άσκησε ποινικές διώξεις εναντίον του για φοροδιαφυγή και ξέπλυμα βρώμικου χρήματος.[17]
Δημιουργία νέου κόμματος
Το 2016 ο Αλέξης Μητρόπουλος ανήγγειλε τη δημιουργία δικού του κόμματος με όνομα «ΕΝΥΠΕΚΚ-Κοινωνική Συνεννόηση».[18] Σήμερα είναι Πρόεδρος της πολιτικής κίνησης "Όρθια Ελλάδα"[19], η οποία δημιουργήθηκε με πρωτοβουλία της ΕΝΥΠΕΚΚ[20] (Ένωση για την Υπεράσπιση της Εργασίας και του Κοινωνικού Κράτους).
Άλλα στοιχεία
Ο Αλέξης Μητρόπουλος είναι επίκουρος Καθηγητής στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης του ΕΚΠΑ. Είναι νυμφευμένος με την πανεπιστημιακό Αιμιλία Παπάζογλου-Μητροπούλου και έχουν τρία παιδιά.
Έχει συγγράψει είτε σε ατομικό είτε σε συλλογικό επίπεδο, αρκετά βιβλία σχετικά κυρίως με το εργατικό δίκαιο και την πολιτική.[21]