Διεξήγαγε σειρά επιθεωρήσεων στον ηπειρωτικό ελλαδικό χώρο, αναγνωρίζοντας τις περισσότερες μυκηναϊκές θέσεις και αρχαιολογικούς τόπους της πρώιμης ελλαδικής εποχής του Χαλκού στις Κυκλάδες. Διεξήγαγε πολλές ανασκαφές με σημαντικότερες το Σέσκλο και τον Άγιο Ανδρέα. Το ανασκαφικό του έργο στο Σέσκλο συνέχισε ο Δημήτρης Θεοχάρης. Θεωρείται από πολλούς ο κωδικοποιητής της Κυκλαδικής περιόδου και της έννοιας Κυκλαδικός πολιτισμός. Σύμφωνα με μαρτυρίες των συγχρόνων του ο Τσούντας, ελλείψει πόρων, ήταν ταυτόχρονα ο διευθυντής, φωτογράφος, σχεδιαστής και επόπτης κατά τη διάρκεια του ανασκαφικου του έργου.[4] Διετέλεσε σύμβουλος και γραμματέας της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας.[6]
1898 - 1899 Δημοσίευση των «Κυκλαδικών» στην Αρχαιολογική Εφημερίδα, ως αποτέλεσμα των ερευνών του στη Σίφνο, τη Σύρο, την Πάρο, την Αντίπαρο και την Αμοργό.
1900 - Σέσκλο: Ανακσαφή του προϊστορικού οικισμού
1903 - Διμήνι, ανασκαφή της νεολιθικής ακρόπολης και θεμελίωση της θεωρίας για την πρώιμη ύπαρξη νεολιθικού πολιτισμού στο χώρο της Ελλάδας.
1908 - Έκδοση των συμπερασμάτων του στο «Αι προϊστορικαί ακροπόλεις του Διμηνίου και του Σέσκλου», έργο αναφοράς ακόμη και σήμερα για αρχαιολόγους και μελετητές.
Τσούντας, Χρήστος, 1901, Η Ακρόπολις των Αθηνών, Σύλλογος προς Διάδοσιν των Ωφελίμων Βιβλίων: Αθήναι.
Τσούντας, Χρήστος, 1908, Αί προΐστορικαί Ακροπόλεις ∆ιµηνίου και Σέσκλου, ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΗ ΤΗΣ ΕΝ ΑΘΗΝΑΙΣ ΑΡΧΑΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΕΤΑΙΡΕΙΑΣ: Αθήναι.
Tsountas, Chrestos, Irving, Manatt J., The Mycenaean Age: a Study of the Monuments and Culture of Pre-Homeric Greece, Houghton, Mifflin and Co. Boston, 1897 (Με εισαγωγή του Dr. Dorpfeld)
Τσούντας, Χρήστος 1928, Ιστορία της αρχαίας ελληνικής τέχνης, Αθήνα: Επικαιρότητα, [χ.χ.], ISBN 9602053429 (Φωτοτυπική ανατύπωση από την έκδοση του 1928.