Το 92ο Πανελλήνιο πρωτάθλημα στίβου ανδρών 2006 διεξήχθη για τρίτη φορά μέσα σε μια πενταετία στο Εθνικό Στάδιο Τρικάλων στις 10 και 11 Ιουνίου μαζί με το αντίστοιχο πανελλήνιο πρωτάθλημα στίβου γυναικών 2006. Μετείχαν όλοι οι κορυφαίοι Έλληνες αθλητές. Οι αγώνες ήταν αφιερωμένοι και πάλι στη μνήμη του πρωτεργάτη του γυναικείου στίβου Ηλία Μισαηλίδη, παλιού πρωταθλητή του Πανιωνίου και βαλκανιονίκη, τον οποίο ο ΣΕΓΑΣ έχει ανακηρύξει μια από τις πέντε σπουδαιότερες αθλητικές προσωπικότητες του 20ού αιώνα.

Είχαν προηγηθεί σε ξεχωριστές ημερομηνίες τα πρωταθλήματα του δρόμου 10χλμ εντός σταδίου, των 50χλμ βάδην και του δεκάθλου. Αντίθετα τα 20χλμ βάδην αυτή τη χρονιά έγιναν στα Τρίκαλα κατά τη δεύτερη ημέρα των αγώνων. Φυσικά, τα αποτελέσματά τους υπολογίστηκαν στην τελική βαθμολογία. Το πρωτάθλημα μαραθωνίου διεξήχθη στις 5 Νοεμβρίου στην κλασική διαδρομή Μαραθώνας-Παναθηναϊκό Στάδιο, παράλληλα με τον Διεθνή Μαραθώνιο. Η διοργάνωση προσέλκυσε μεγάλο πλήθος δρομέων -τερμάτισαν 2.232 Έλληνες και ξένοι δρομείς- αλλά οι επιδόσεις ήταν μέτριες εξαιτίας του δυνατού και ψυχρού αντίθετου ανέμου. Ο πανελληνιονίκης Γιάννης Κανελλόπουλος στη γενική κατάταξη ήταν έβδομος και πρώτος Ευρωπαίος, αφού οι έξι πρώτοι ήταν τέσσερις Κενυάτες, ένας Αιθίοπας και ένας Ιάπωνας (ακριβώς όπως το 2005).

Στη μάχη της βαθμολογίας ο Πανελλήνιος Γ.Σ. ηττήθηκε μετά από 15 συνεχόμενους τίτλους. Όμως, οι 36 πανελλήνιοι τίτλοι του συνολικά και τα 17 "νταμπλ" (ανδρικό και γυναικείο πρωτάθλημα ταυτόχρονα), από τα οποία τα 14 συνεχόμενα, αποτελούν ακατάρριπτα ρεκόρ στην ιστορία των πανελλήνιων αγώνων στίβου. Πρωταθλητής για πρώτη φορά στην ιστορία της διοργάνωσης ανακηρύχθηκε ο Ολυμπιακός Σ.Φ.Π. ξεκινώντας ένα σερί που συνεχίστηκε και τα επόμενα έτη. Όμως, ο πρώτος αυτός τίτλος του χαρακτηρίστηκε απο μια εξαιρετικά αμφισβητούμενη απόφαση. Συγκεκριμένα, στη σκυταλοδρομία 4Χ100μ ο Τάσος Γκούσης παραβίασε τη λωρίδα που έτρεχε μπαίνοντας στη διπλανή και οι κριτές τον ακύρωσαν, όπως και την ομάδα του τον Ολυμπιακό, που είχε τερματίσει στη δεύτερη θέση. Όμως, η ελλανόδικος επιτροπή ενώ αναγνώρισε το σφάλμα του δεν τον ακύρωσε, με τον ισχυρισμό πως η αλλαγή λωρίδας δεν επηρέασε την απόδοσή του αντιπάλου του, του Παναγιώτη Σαρρή του Πανελλήνιου. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα οι ιθύνοντες του συλλόγου της Κυψέλης σε ένδειξη διαμαρτυρίας να αποσύρουν τους αθλητές τους από τα υπόλοιπα αγωνίσματα της πρώτης ημέρας, "χαρίζοντας" ουσιαστικά τον τίτλο στο πειραϊκό σωματείο.

*Βαθμολογήθηκαν οι 12 πρώτοι κάθε αγωνίσματος.

• Ηρακλής Αθανασόπουλος, "Μαραθώνιος & Μαραθώνας", Αθήνα 2010, σσ. 235-236 και 296-297.
• «stivoz.gr: Αποτελέσματα Πανελλήνιου Πρωταθλήματος Στίβου 2006». Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 2 Νοεμβρίου 2022. Ανακτήθηκε στις 2 Νοεμβρίου 2022. 
• «Αποτελέσματα Πανελλήνιου Πρωταθλήματος 20 χλμ βάδην». Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 3 Νοεμβρίου 2022. 
• «Αποτελέσματα Πανελλήνιου Πρωταθλήματος 50 χλμ βάδην». Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 3 Νοεμβρίου 2022. Ανακτήθηκε στις 3 Νοεμβρίου 2022. 
• «Αποτελέσματα Πανελλήνιου Πρωταθλήματος 10.000μ». Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 3 Νοεμβρίου 2022. 
• «Αποτελέσματα Πανελλήνιου Πρωταθλήματος Σύνθετων αγωνισμάτων». Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 3 Νοεμβρίου 2022. 
• Αποτελέσματα Πανελλήνιου Πρωταθλήματος Μαραθώνιου 2005
• GREEK CHAMPIONSHIPS.