Ο μαραθώνιος δρόμος είναι από τα αγωνίσματα που εντάχθηκαν στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα στίβου ανδρών από την πρώτη διοργάνωση το 1896. Η δημιουργία του αγωνίσματος ήταν ιδέα του Γάλλου Μισέλ Μπρελ, που πρότεινε την ένταξη του στο πρόγραμμα των Ολυμπιακών αγώνων της Αθήνας το 1896. Ο μαραθώνιος δρόμος γίνεται προς τιμήν του Αθηναίου δρομέα-αγγελιοφόρου (δεν είναι γνωστό αν ήταν ο Φειδιππίδης ή κάποιος άλλος), ο οποίος έτρεξε από τον Μαραθώνα έπειτα από την ιστορική μάχη προκειμένου να αναγγείλει στους Αθηναίους τη νίκη αλλά και να τους ειδοποιήσει να πάρουν τα όπλα και να προστατεύσουν την πόλη, αφού έρχονταν προς τα εκεί περσικά πλοία. Ο κατάκοπος δρομέας μόλις ανακοίνωσε το μήνυμά του "Νενικήκαμεν" έπεσε νεκρός.

Μόλις μαθεύτηκε, τον Ιανουάριο του 1896, πως στο πρόγραμμα των Α΄ Ολυμπιακών Αγώνων εντάχθηκε και ένας αγώνας δρόμου στη διαδρομή που είχε διατρέξει ο αθηναίος αγγελιοφόρος το 490 π.Χ., διάφοροι αθλητικοί σύλλογοι άρχισαν να διοργανώνουν αγώνες δρόμου σε διαδρομές γύρω στα 40 χλμ. Στις 18 Φεβρουαρίου, ο "Όμιλος Πεζοπόρων Πειραιώς" διοργάνωσε αγώνα 40 χλμ στη διαδρομή "Πειραιάς-Ελευσίνα-Δαφνί" με νικητή τον Κελαϊδή. Την ίδια ημέρα, ο αθλητής του ΑΟ Αθηνών Σπύρος Μπελόκας έτρεξε 40 χλμ. στη διαδρομή "Ριζάρειος Σχολή-Πικέρμι-Ριζάρειος" σε 3 ώρες 48΄. Στην Πάτρα ο Χρήστος Δουβανάς της Γ.Ε. Πατρών έτρεξε 42 χλμ σε 3 ώρ. 07΄.

Η πρώτη δοκιμή στην κλασική διαδρομή έγινε από τον αθλητή του Εθνικού Γ.Σ. Γεώργιο Γρηγορίου στις αρχές Φεβρουαρίου, ο οποίος αφού μετέβη πεζή στο Μαραθώνα, την επόμενη μέρα ξεκίνησε από τον Τύμβο και έφτασε στο γυμναστήριο του Εθνικού μετά από 2 ώρ. 50΄, διανύοντας περίπου 36 χλμ. Στις 11 Φεβρουαρίου έγινε νέα δοκιμή από τον Εθνικό Γ.Σ. με επίσημο χαρακτήρα. Μετείχαν οι αθλητές Γεώργιος Γρηγορίου και Ιωάννης Γιαννούλης. Ο Γιαννούλης εγκατέλειψε στο Πικέρμι, ενώ ο Γρηγορίου τερμάτισε σε 3 ώρ. 45΄. Στις 17 Φεβρουαρίου δοκίμασε την διαδρομή και ο Πανελλήνιος Γ.Σ. με τέσσερις αθλητές του, τους Δεληγιάννη, Κουντούρη, Ροδάκη και Γερακάρη. Πρώτος τερμάτισε ο Δημήτριος Δεληγιάννης σε 3 ώρ. 52΄ 31΄΄. Η διανυθείσα διαδρομή υπολογίστηκε λίγο πάνω από τα 40 χλμ.

Το Πανελλήνιο πρωτάθλημα μαραθωνίου, που θα αποτελούσε και αγώνα πρόκρισης για την Ολυμπιάδα διεξήχθη την Κυριακή, 10 Μαρτίου 1896. Η διαδρομή είχε μετρηθεί στα 40 χλμ. Δήλωσαν συμμετοχή 33 δρομείς αλλά στην αφετηρία εμφανίστηκαν 25. Το πρωί τους δόθηκε ένα λιτό γεύμα με αυγά, πορτοκάλια και καφέ και η εκκίνηση δόθηκε στις 2 μ.μ. στην έξοδο του χωριού. Τους δρομείς συνόδευε ένας έφιππος επόπτης για τον καθένα, ενώ είχε ληφθεί πρόβλεψη να καταβρεχτεί η διαδρομή ώστε να μην σηκώνεται σκόνη. Ως το Πικέρμι προηγούνταν ο Δουβανάς και ο Δεληγιάννης. Εκεί ο μεν Δουβανάς εγκατέλειψε ενώ ο Δεληγιάννης διέκοψε να ξεκουραστεί, με αποτέλεσμα να τους προσπεράσουν ο Βασιλάκος και ο Μπελόκας. Ως το Χαρβάτι είχαν απομείνει μόνον 15 δρομείς. Στην Αγ. Παρασκευή η σειρά ήταν: Χαρ. Βασιλάκος (ΠΓΣ), Σπ. Μπελόκας (ΑΟ Αθηνών), Δημ. Δεληγιάννης (ΠΓΣ), η οποία ήταν η τελική κατάταξη στον τερματισμό. Ακολούθησαν οι: Δημ. Χρηστόπουλος (Γ.Ε. Πατρών), Γ. Γρηγορίου (Εθνικός ΓΣ), Ευ. Γερακάκης (ΠΓΣ).

Οι έξι πρώτοι προκρίθηκαν να λάβουν μέρος στους Α΄ Ολυμπιακούς αγώνες αλλά επειδή ξεσηκώθηκαν πολλοί νέοι φερέλπιδες αθλητές, κυρίως χωρικοί της περιοχής Μαρουσίου - Χαλανδρίου, διοργανώθηκε ειδικός προκριματικός μαραθώνιος, και ορίστηκε να προκριθούν για τους Ολυμπιακούς, οι έξι πρώτοι ή όσοι φέρουν καλύτερο χρόνο από το 3:18΄00΄΄ του πανελληνιονίκη Βασιλάκου. Στον αγώνα αυτό μετείχε και ο Σπύρος Λούης που τερμάτισε 5ος με 3 ώρ. 18΄ 27΄΄ κερδίζοντας την πρόκριση για την ολυμπιάδα, στην οποία θα ανακηρυσσόταν ολυμπιονίκης.

Το πανελλήνιο πρωτάθλημα Μαραθωνίου δρόμου είναι καθαρά ατομικό αγώνισμα και δεν ανακηρύσσει πρωταθλητή σύλλογο.Οι αθλητές των συλλόγων βαθμολογούνται ατομικά και το άθροισμα της βαθμολογίας τους (με συντελεστή) προστίθεται στη βαθμολογία κάθε συλλόγου,στο ανοιχτό πρωτάθλημα στίβου το καλοκαίρι^[1].

Αθλητής	Πρωτιές	Χρονιές	Σύλλογος
Νίκος Πολιάς	7	1993, 1995, 1996, 1999, 2000, 2001, 2003	Πειραϊκός Σύνδεσμος, Ολυμπιακός
Δημήτρης Δερβένης	5	1949, 1951, 1952, 1958, 1960	Εθνικός Γ.Σ.
Φάνης Τσιμιγκάτος	5	1974, 1977, 1978, 1980, 1981	Παναχαϊκή Γ.Ε.
Στέλιος Κυριακίδης	4	1933, 1934, 1936, 1939	Γ.Σ. Ολύμπια Λεμεσού
Δημήτρης Βούρος	4	1965, 1966, 1968, 1969	Παναθηναϊκός Α.Ο.
Χριστόφορος Μερούσης	4	2013, 2014, 2015, 2016	Φ.Ο. Βροντάδου Χίου
Χρήστος Σάρρας	3	1929, 1931, 1932	Παναθηναϊκός Α.Ο.
Κωνσταντίνος Γκελαούζος	4	2017, 2018, 2019, 2021	Παναθηναϊκός Α.Ο.

• Πανελλήνιο πρωτάθλημα στίβου Μαραθώνιος γυναικών

• Ηρακλής Αθανασόπουλος, "Μαραθώνιος και Μαραθώνας. Η πλήρης διατριβή για την κλασσική διαδρομή", Αθήνα 2010.
• ΣΕΓΑΣ: Αποτελέσματα μαραθωνίου 2021 Αρχειοθετήθηκε 2022-10-08 στο Wayback Machine.