Η μεγαλύτερη από τις νησίδες λέγεται Μοσχόνησος. Σύμφωνα με τον Αϊβαλιώτη Φώτη Κόντογλου, ονομάστηκε έτσι μαζί με τα άλλα νησάκια (Μοσχονήσια) «από το όνομα ενός κουρσάρου Μόσκου που λημέριαζε πάνω τους».[1] Η απέναντι μικρασιατική ακτή σχηματίζει τα λιμάνια των Κυδωνίων (σημερινό Αϊβαλί).
Το μεγαλύτερο νησί είναι το Μοσχονήσι ή Μοσχόνησος, το οποίο συγκεντρώνει το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού του συμπλέγματος. Άλλο κατοικημένο νησί είναι το Κρεμμύδι, νησίδα που παρεμβάλλεται ανάμεσα στο Αϊβαλί και το Μοσχονήσι, με τα οποία συνδέεται με γέφυρες. Το δεύτερο μεγαλύτερο νησί του συμπλέγματος είναι ο Πύργος, που βρίσκεται βορειότερα του μεγαλύτερου νησιού και είναι ακατοίκητο. Από τα υπόλοιπα νησιά του συμπλέγματος τα μεγαλύτερα είναι ο Κάλαμος, το Γυμνό, ο Λειψός και το Μοσχόπουλο.[2] Άλλα μικρότερα νησιά του συμπλέγματος είναι οι νησίδες Αγκίστρι, Αδιάβατος, Αιγιαλονήσι, Δασκαλιό, Ζεφύρι, Καλαμόπουλο, Καλαμάκια, Πέρα Μόσχος, Λίχα, Πελαγονήσι, Πλάτη, Τάλιανος, Κόπανος, Πετρούσα, Ουλιά, Σκλαβονήσι και Ψαριανό.
Οι περισσότεροι κάτοικοί τους, ύστερα από την ανταλλαγή των πληθυσμών το 1924, είναι Τουρκοκρητικοί.
Μοσχονήσια (τουρκ. Cunda Adaları, Yund Adaları, Ay Adaları, Moshonisya) ή Εκατονήσια
Μοσχονήσι (τουρκ. Cunda, Alibey, Yunda, Yund) ή Εκατονήσι ή Νάσος ή Απολλόνησο
Ευστράτιος Ι. Δράκος Μοσχονήσιος, Μικρασιανά: Ή αι Εκατόνησοι τανυν Μοσχονήσια, Τεύχος Α΄: Μικρασιανά ή γενική πραγματεία περί Εκατονήσων τα νυν Μοσχονησίων, Τεύχος Β΄: Μικρασιανά ή ιστορία των Μοσχονησίων υπό έποψιν εκκλησιαστικήν· Αθήνα χ.χ.ε.
