Από το 1815 έως το 1833 περίπου διακόνησε ως ιερέας και δάσκαλος στις ελληνικές κοινότητες της Ευρώπης, ξεκινώντας από τη Βιέννη, συνεχίζοντας στην Τεργέστη και τελικά στο Μόναχο το 1830. Εκεί παρακολούθησε επίσης μαθήματατα Θεολογίας και Φιλοσοφίας, ως ακροατής. Προηγουμένως, το 1827, βοήθησε να συγκεντρωθούν χρήματα από τους Έλληνες της διασποράς προκειμένου να ιδρυθούν ορφανοτροφεία στην ελεύθερη πλέον Ελλάδα, μετά από παράκληση του Ιωάννη Καποδίστρια. Το 1833 επέστρεψε στην Ελλάδα, μετά από σχετική πρόσκληση του πατέρα του Όθωνα, βασιλιά της ΒαυαρίαςΛουδοβίκου Α΄, προκειμένου να διδάξει ελληνική γλώσσα και ιστορία στο γιο του, που μόλις είχε εγκατασταθεί ως βασιλιάς στην Ελλάδα.[3]
Ο Μισαήλ υπήρξε από τα ιδρυτικά μέλη της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρίας[1] και ο πρώτος καθηγητής της Ριζαρείου Σχολής[6], της οποίας κατόπιν έγινε διευθυντής. Συμμετείχε ενεργά στο πιο φλέγον εκκλησιαστικό ζήτημα της εποχής, αυτό της Αυτοκεφαλίας της Εκκλησίας της Ελλάδος, η οποία είχε μεν αυτοανακηρυχθεί Αυτοκέφαλη, δεν είχε όμως αναγνωριστεί από το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Ο Μισαήλ ήταν εκπρόσωπος της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος στην Κωνσταντινούπολη και από τη θέση αυτή συνετέλεσε στην έκδοση του Συνοδικού Τόμου το 1850, με τον οποίο αναγνωρίστηκε το υπάρχον ως σήμερα εκκλησιαστικό καθεστώς της Ελληνικής Εκκλησίας.[1]
Το 1852 χειροτονήθηκε αρχιεπίσκοπος Πατρών και Ηλείας. Στις 29 Δεκεμβρίου 1861 εξελέγη Μητροπολίτης Αθηνών, θέση στην οποία παρέμεινε για λίγους μόλις μήνες, έως τον θάνατό του στις 21 Ιουλίου 1862. Ως Μητροπολίτης Αθηνών τέλεσε τα εγκαίνια του Μητροπολιτικού Ναού Αθηνών, ενώ έπαιξε σημαντικό ρόλο στην ανέγερση μνημείου για τον Πατριάρχη Γρηγόριο Ε΄.[3]
