Η Μαρία Βοναπάρτη ήταν κόρη του Ρολάνδου Βοναπάρτη (1858 - 1924) και της Μαρί Φελίξ Μπλάνκ (1859 - 1882). Γεννήθηκε στο Σαιν-Κλου, προάστιο των Παρισίων στη Γαλλία. Η μητέρα της πέθανε από επιπλοκή κατά τη γέννησή της.
Ο παππούς της, από τη μητέρα της, ήταν ο Φρανσουά Μπλανκ, ο μεγαλύτερος κατασκευαστής ακινήτων του Μόντε Κάρλο.
Οικογένεια
Παντρεύτηκε τον πρίγκιπα Γεώργιο της Ελλάδας με πολιτικό γάμο στις 21 Νοεμβρίου 1907 στο Παρίσι και με θρησκευτική τελετή στις 12 Δεκεμβρίου 1907 στην Αθήνα. Έκτοτε επίσημα ήταν επίσης γνωστή ως «Πριγκίπισσα Γεωργίου της Ελλάδος».
Ανάμεσα στις πολλές υπηρεσίες της στην ψυχανάλυση ήταν η καταβολή λύτρων για την απελευθέρωση του Σίγκμουντ Φρόυντ από τη ναζιστική Γερμανία, η υποστήριξη των ανθρωπολογικών εξερευνήσεων του Geza Roheim, και η διαφύλαξη των επιστολών του Φρόυντ προς τον Βίλεμ Φλίες (Wilhelm Fliess), παρά την επιθυμία του Φρόυντ να καταστραφούν. Ο Φρόυντ είπε στη Μαρία Βοναπάρτη: «η μεγάλη ερώτηση που δεν έχει απαντηθεί ποτέ και που δεν είμαι σε θέση ακόμα να απαντήσω, παρά τα τριάντα έτη έρευνάς μου στη θηλυκή ψυχή, είναι: τι θέλει μια γυναίκα;».
Το 1926 ίδρυσε το Γαλλικό Ίδρυμα Ψυχανάλυσης (Société Psychoanalytique de Paris, SSP).
Στις 2 Ιουνίου 1953, η Μαρία και ο Πρίγκιπας Γεώργιος αντιπροσώπευσαν τον ανηψιό τους, Παύλο Α΄ της Ελλάδας, στη στέψη της Ελισάβετ Β΄ του Ηνωμένου Βασιλείου, στο Λονδίνο. Κουρασμένη από τη διάρκεια της τελετής, η Μαρία πρότεινε μια σύντομη ψυχανάλυση στον κύριο που είχε καθίσει δίπλα της, που ήταν ο μελλοντικός Γάλλος πρόεδρος Φρανσουά Μιττεράν. Ο Μιττεράν ενέδωσε στη Μαρία, και οι δυο τους πολύ λίγο παρακολούθησαν οποιοδήποτε μέρος της στέψης, αφού βρήκαν τη συζήτησή τους πολύ πιο ενδιαφέρουσα από τη μεγάλη και επίσημη τελετή.
Ήταν ψυχαναλύτρια μέχρι το θάνατό της το 1962, όταν πέθανε από λευχαιμία στο Γκασέν του Σαιν-Τροπέ σε ηλικία 80 ετών. Αποτεφρώθηκε στη Μασσαλία και η τέφρα της ενταφιάστηκε στον τάφο του Πρίγκιπα Γεωργίου στο Τατόι, κοντά στην Αθήνα.
Η ιστορία της σχέσης της με τον Σίγκμουντ Φρόυντ και ο τρόπος με τον οποίο βοήθησε στη διαφυγή του ίδιου και της οικογένειάς του, έγινε κινηματογραφική ταινία το 2004, με τίτλο Πριγκίπισσα Μαρία, σε σκηνοθεσία του Μπενουά Ζακό, με πρωταγωνιστές την Κατρίν Ντενέβ ως Μαρία Βοναπάρτη και τον Χάιντς Μπέννεντ ως Σίγκμουντ Φρόυντ.