Παντρεύτηκε τον δεύτερο εξάδελφο της Χριστιανό του Σλέσβιχ-Χόλσταϊν-Σόντερμπουρκ-Γκλύξμπουργκ στις 26 Μαΐου 1842 στο Παλάτι Αμάλιενμποργκ. Η σχέση μεταξύ της Λουίζας και του Χριστιανού φαίνεται να ήταν ευτυχισμένη. Τον υποστήριξε στον αγώνα του να αναγνωριστεί ως κληρονόμος του θρόνου της Δανίας και το ζευγάρι έγινε ισχυρά συνδεδεμένο μεταξύ τους κατά τη διάρκεια των χρόνων της διαδοχικής πάλης.
Οι γάμοι υψηλού επιπέδου που εξασφάλισε για τα παιδιά της εξασφάλισαν τη νεοδημιουργηθείσα διεθνή ιδιότητα της δανικής δυναστείας, συνδέοντας τη Δανία με τη Μεγάλη Βρετανία, τη Ρωσία, τη Σουηδία και την Ελλάδα. Ήταν γνωστή ως "η πεθερά της Ευρώπης", οι ετήσιες οικογενειακές συγκεντρώσεις της στο Μπέρνστορφ και στο Φρέντενσμποργκ προσέλκυε κάθε χρόνο την περισσότερη προσοχή και την έκαναν δημοφιλές σύμβολο της οικογενειακής ζωής.
Κατά τα τελευταία χρόνια της, ήταν κουφή, και η ανάγκες της είχαν φροντιστεί από δύο διακόνισσες από το ίδρυμα Διακονίας που ίδρυσε. Η Λουίζα ήταν βασίλισσα για 35 χρόνια, περισσότερο από οποιαδήποτε άλλη βασίλισσα της Δανίας.
Πέθανε στις 29 Σεπτεμβρίου 1898 στο Παλάτι Μπέρνστορφ σε ηλικία 81 ετών. Θάφτηκε στον Καθεδρικό Ναό του Ρόσκιλε.
Οικογένεια
Η Λουίζα το 1842 παντρεύτηκε τον 2ο εξάδελφό της Χριστιανό Θ΄ της Δανίας και απέκτησαν μαζί τα εξής παιδιά: