Η Κυβέρνηση Θρασύβουλου Ζαΐμη 1869 (Υπουργείον Ζαΐμη) (Ιανουάριος 1869 – Ιούλιος 1870) αντικατέστησε την «Κυβέρνηση Βούλγαρη», μετά την παραίτηση της, και σύμφωνα με την απόφαση του βασιλιά, ανέλαβε να οδηγήσει τη χώρα σε νέες εκλογές.
Ο Βασιλιάς, ανέλαβε -μετά την παραίτηση του Δημητρίου Βούλγαρη- να σχηματίσει νέα κυβέρνηση και για αυτό τον σκοπό κάλεσε πρώτα τους αρχηγούς των μειοψηφικών παρατάξεων της Βουλής, Δεληγιώργη και Ζαΐμη. Ο Δεληγιώργης αρνήθηκε την εντολή ενώ ο Ζαΐμης έθεσε όρους για να την αποδεχτεί. Ο Γεώργιος τότε κάλεσε (σε ένα πρώιμο είδος διερευνητικών εντολών), τον Σπυρίδωνα Βαλαωρίτη, και τον Αριστείδη Μωραϊτίνη. Όμως ούτε ο πρώτος ούτε ο δεύτερος κατάφεραν να σχηματίσουν κυβέρνηση και έτσι ο βασιλιάς επανήλθε στον Ζαΐμη. Ο Ζαΐμης με 25 μόνο βουλευτές να τον ακολουθούν κατάφερε να σχηματίσει κυβέρνηση και να οδηγήσει την χώρα σε εκλογές. Έτσι, η Βουλή διαλύθηκε στις 17 Μαρτίου1869 και οι εκλογές προκηρύχθηκαν να γίνουν από τις 16 έως τις 19 Μαΐου [3]
Όταν η Βουλή άνοιξε και πάλι, στις 5 Ιουνίου του 1869 με την α' σύνοδο της Γ' κοινοβουλευτικής περιόδου, η κυβέρνηση Ζαΐμη είχε πλέον την πλειοψηφία των βουλευτών (90 από τις 186 έδρες [4]) και μπόρεσε να κυβερνήσει απρόσκοπτα μέχρι την Άνοιξη του 1870.
Από τις πρώτες ενέργειες της νέας κυβέρνησης ήταν να δεχτεί το Πρωτόκολλο της Συνδιάσκεψης των Παρισίων για το Κρητικό ζήτημα, που η προηγούμενη κυβέρνηση είχε αρνηθεί να υπογράψει. Η κυβέρνηση Ζαΐμη δέχτηκε σφοδρότατη κριτική για αυτήν την απόφαση, καθ' όσον το Πρωτόκολλο περιείχε ιδιαίτερα δυσμενείς έως και ατιμωτικούς όρους για την Ελλάδα και την συμπεριφορά της απέναντι στον αγώνα των Κρητικών, ωστόσο οι διπλωματικές σχέσεις μεταξύ Ελλάδος και Τουρκίας αποκαταστάθηκαν, ενώ ο κίνδυνος ένοπλης σύρραξης μεταξύ των δυο κρατών, απομακρύνθηκε.
Το περιστατικό της απαγωγής με σκοπό τα λύτρα, που συνέβη έξω από το Πικέρμι στις 30 Μαρτίου1870 και που στην ιστορία έχει μείνει γνωστό ως η σφαγή στο Δήλεσι, και η κατακραυγή που ακολούθησε του περιστατικού τόσο στην Ελλάδα, όσο και στο εξωτερικό, οδήγησαν την κυβέρνηση σε παραίτηση.