Στο πρωτάθλημα της Δ΄ κατηγορίας 2012-13 συμμετείχαν 14 ομάδες. Όλες οι ομάδες αναμετρήθηκαν αναμεταξύ τους από δύο φορές, μία εντός και μία εκτός έδρας. Πρωταθλήτρια ανακηρύχτηκε η ομάδα που συγκέντρωσε τους περισσότερους βαθμούς. Οι τέσσερις πρώτες ομάδες προβιβάστηκαν στο πρωτάθλημα Γ΄ κατηγορίας 2013-14. Οι δύο τελευταίες ομάδες υποβιβάστηκαν στα αγροτικά πρωταθλήματα.[2]
Σύστημα βαθμολόγησης
Η νίκη βαθμολογείτο με 3 βαθμούς και η ισοπαλία με 1 βαθμό ενώ η ήττα δεν έδινε κανένα βαθμό.
1Η ομάδα ΠΟΛ/ΑΕ Μαρωνίου μετά την 14η αγωνιστική του πρωταθλήματος Γ΄ κατηγορίας 2011-12 ανέστειλε την λειτουργία της λόγω οικονομικών προβλημάτων, αποχώρησε από το πρωτάθλημα και διαγράφηκε από την Κυπριακή Ομοσπονδία Ποδοσφαίρου. Ως αποτέλεσμα όλοι εναπομείναντες αγώνες της ομάδας ΠΟΛ/ΑΕ Μαρωνίου αλλά και όσοι είχαν ήδη πραγματοποιηθεί κατακυρώθηκαν με 3-0 υπέρ των αντιπάλων της.[3][4][5]
2 : Η ομάδα Λειβαδιακός/Σαλαμίνα Λειβαδιών έχει προαχθεί από τα αγροτικά πρωταθλήματα στο πρωτάθλημα της περιόδου 2011-12. Ωστόσο, η Κυπριακή Ομοσπονδία Ποδοσφαίρου αποφάσισε ότι η ομάδα δεν ικανοποιούσε βασικές προϋποθέσεις εγγραφής της στο μητρώο μελών της ομοσπονδίας.[6] Μετά από έκτακτη γενική συνέλευση αποφασίστηκε ότι μπορεί να ενταχθεί στην ΚΟΠ.[7] Επειδή όμως το πρωτάθλημα της Δ΄κατηγορίας 2011-12 είχε ήδη ξεκινήσει, αποφασίστηκε όπως παραχωρηθεί στην ομάδα θέση στο επόμενο πρωτάθλημα, δηλαδή της Δ΄ κατηγορία 2012-13.[8]
Στο πρωτάθλημα θα συμμετείχε και ο ΑΠΟΠ Κινύρας/Πέγειας. Αρχικά, υποβιβάστηκε από τη Β΄ κατηγορία 2011-12 στη Γ΄ κατηγορία 2012-13. Ακολούθως, υποβιβάστηκε στη Δ΄ κατηγορία 2012-13 μετά από απόφαση της FIFA.[9] Ωστόσο, στη συνέχεια ανακοινώθηκε ότι αποχωρεί από την ΚΟΠ και εν συνεχεία η ομάδα διαλύθηκε.
Ομάδες, στάδια και τοποθεσίες
Στον πιο κάτω πίνακα παρουσιάζονται οι ομάδες που συμμετείχαν στο πρωτάθλημα και τα στάδια που χρησιμοποίησαν.[10]
Το σύστημα βαθμολόγησης που ίσχυε ήταν: Νίκη=3 βαθμοί, Ισοπαλία=1 βαθμός, Ήττα=0 βαθμοί
Κανόνες βαθμολογίας: 1ος Βαθμοί, 2ος Μεταξύ των ισόβαθμων ομάδων αγώνες (i. Βαθμοί από τα μεταξύ των ισόβαθμων ομάδων παιχνίδια, ii. Διαφορά τερμάτων σε μεταξύ των ισόβαθμων ομάδων παιχνίδια, iii. Καλύτερη εκτός έδρας επίθεση στα μεταξύ των ισόβαθμων ομάδων παιχνίδια), 3ος Γενική διαφορά τερμάτων, 4ος Καλύτερη επίθεση.