Στις 28 Φεβρουαρίου 1998 διορίστηκε Υπουργός Άμυνας στην κυβέρνηση Γλαύκου Κληρίδη, θέση στην οποία παρέμεινε μέχρι τις 4 Ιανουαρίου 1999 που υπέβαλε παραίτηση.[6][7] Ο λόγος παραίτησης του ήταν η απόφαση για ματαίωση της εγκατάστασης του ρωσικού Πυραυλικού συστήματος S-300, θεωρώντας ότι η Κυπριακή Δημοκρατία δέχθηκε σοβαρό πλήγμα ως προς την άσκηση των κυριαρχικών δικαιωμάτων της στον τομέα της άμυνας.[7][8][9]
Στις 22 Ιουλίου 2001 εκλέχθηκε πρόεδρος του Κινήματος Σοσιαλδημοκρατών, το οποίο στις 29 Ιουνίου 2003 μετονομάστηκε σε Κίνημα Σοσιαλδημοκρατών-ΕΔΕΚ.[9][10][11][12]
Στις 13 Ιανουαρίου 2015 παραιτήθηκε από πρόεδρος της ΕΔΕΚ.[12] Δεν διεκδίκησε επανεκλογή στις επόμενες βουλευτικές εκλογές.[19][20][21]
Ως βουλευτής, διετέλεσε κοινοβουλευτικός εκπρόσωπος του Κινήματος Σοσιαλδημοκρατών-ΕΔΕΚ, μέλος της επιτροπής επιλογής, πρόεδρος της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Άμυνας και αναπληρωτής πρόεδρος της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Νομικών.[1] Στην τελευταία θητεία του διετέλεσε ex officio πρόεδρος της Επιτροπής Επιλογής και πρόεδρος της Ad Hoc Κοινοβουλευτικής Επιτροπής για τον Κανονισμό της Βουλής και της Ειδικής Κοινοβουλευτικής Επιτροπής για το Πόθεν Έσχες.[1]
Πορεία ως πρόεδρος της ΕΔΕΚ
Ο Γιαννάκης Ομήρου ήταν επικεφαλής του Κινήματος Σοσιαλδημοκρατών-ΕΔΕΚ σε αρκετές εκλογικές διαδικασίες.
Προεδρικές εκλογές
Ως επικεφαλής του Κινήματος Σοσιαλδημοκρατών-ΕΔΕΚ οδήγησε το κόμμα σε τρεις εκλογικές αναμετρήσεις για την ανάδειξη προέδρου της Δημοκρατίας. Στις προεδρικές εκλογές του 2003 το Κίνημα Σοσιαλδημοκρατών-ΕΔΕΚ υποστήριξε τον Τάσσο Παπαδόπουλο, ο οποίος εξελέγη.[22] Το κόμμα συμμετείχε στη διακυβέρνηση με δικούς του υπουργούς. Συμμετείχε στην κυβέρνηση μέχρι την ολοκλήρωση της θητείας της.[23]
Στις προεδρικές εκλογές του 2008 υποστήριξε και πάλι τον Τάσσο Παπαδόπουλο, ο οποίος δεν πέρασε στον β΄ γύρο. Στον β΄ γύρο το Κίνημα Σοσιαλδημοκρατών-ΕΔΕΚ στήριξε τον Δημήτρη Χριστόφια, ο οποίος εξελέγη.[22][23][24] Το κόμμα συμμετείχε στη διακυβέρνηση με δικούς του υπουργούς.[25] Ωστόσο, αποχώρησε από την συγκυβέρνηση το 2010 λόγω διαφωνιών σχετικά με τις προτάσεις που υπέβαλε ο Δημήτρης Χριστόφιας στις διαπραγματεύσεις για επίλυση του κυπριακού προβλήματος.[25][26]
Στις προεδρικές εκλογές του 2013 υποστήριξε τον Γιώργο Λιλλήκα, ο οποίος δεν πέρασε στον β΄ γύρο.[23] Στον β΄ γύρο το Κίνημα Σοσιαλδημοκρατών-ΕΔΕΚ δεν υποστήριξε κανένα από τους δύο εναπομείναντες υποψήφιους.[27]
Τον Μάιο του 2004 η Κύπρος έγινε πλήρες μέλος της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Λίγο αργότερα διεξήχθησαν οι πρώτες ευρωεκλογές στην Κύπρο. Το Κίνημα Σοσιαλδημοκρατών-ΕΔΕΚ, με επικεφαλής τον Γιαννάκη Ομήρου, κατέλαβε την πέμπτη θέση και για ελάχιστους ψήφους δεν κατάφερε να κερδίσει καμία από τις 6 θέσεις που εδικαιούτο η Κύπρος στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο.[30][31][32]
Τον Απρίλιο του 2004 πραγματοποιήθηκε δημοψήφισμα για επίλυση του κυπριακού προβλήματος με βάση το σχέδιο Ανάν. Το Κίνημα Σοσιαλδημοκρατών-ΕΔΕΚ, του οποίου επικεφαλής ήταν ο Γιαννάκης Ομήρου, τάχθηκε εναντίον του σχεδίου αυτού.[33][34] Ο κυπριακός λαός απέρριψε τελικά το σχέδιο με ποσοστό 76%.[35][36]
