Ο Άγιος Νεκτάριος είναι ημιορεινός οικισμός στο νοτιοανατολικό τμήμα του νομού Χανίων. Βρίσκεται κοντά στην έξοδο του φαραγγιού Ασφένδου, ανατολικά της Χώρας Σφακίων και στην έξοδο προς Φραγκοκάστελλο, σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 150. Απέχει 75 χλμ. περίπου ΝΑ. των Χανίων.[3][4][5]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1981 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Ασφένδου. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Ασφένδου και προσαρτήθηκε στον δήμο Σφακίων.[2]