„Auch wenn Wolfgang Wippermann damit eine Strukturprofessur auf Lebenszeit am Friedrich-Meinecke-Institut verwehrt blieb, zählte er zu den Professor*innen des Instituts, die eigene Forschungsthemen signifikant weiterentwickelten, den akademischen und politischen Diskurs mitprägten und eine breite Öffentlichkeitswirkung hatten.“[7]
Wippermanns Thesen sorgten mehrfach für Kontroversen innerhalb der deutschen Historikerzunft. So sah sich Wippermann selbst als einzigen Historiker, der sich in der Goldhagen-Kontroverse auf die Seite Daniel Goldhagens schlug.[11] Wippermann kritisierte vornehmlich die Stoßrichtung und den Tonfall von Goldhagens Kritikern, wie etwa die Bezeichnung als „Scharfrichter“ durch den Journalisten Rudolf Augstein. Zudem warf Wippermann den Kritikern vor, Rufmord gegen Goldhagen zu betreiben. Der Vorwurf des Rufmordes und der Unwissenschaftlichkeit führte zu heftigem Widerspruch seitens der Gegner Goldhagens, also der Mehrheit der deutschen Historiker.
Über das Schwarzbuch des Kommunismus urteilte Wippermann, dass es nur „eine ermüdende Reihung von Mordgeschichten“ biete, eine „Dämonisierung des Kommunismus“ betreibe und hinterfragt werden müsse, ob es sich „bei den Regimen in der Sowjetunion, China, Kambodscha etc. überhaupt um kommunistische bzw. sozialistische Systeme gehandelt habe“. Reinhard Mohr kritisierte darüber in Der Spiegel, dass „gar nicht mehr versucht wird, wissenschaftliche oder politische Kritik zu üben und dass es nur noch um das gekränkte intellektuelle Ich“ gehe.[12]
Ein weiteres kontroverses Thema war Wippermanns engagiertes Auftreten gegen die Totalitarismus-These, die in seinem Verständnis besage, dass die Verbrechen des Nationalsozialismus und des Stalinismus oder des Kommunismus als Ganzes vergleichbar oder gleichzusetzen seien. In diesem Zusammenhang übte Wippermann scharfe Kritik am Forschungsverbund SED-Staat der Freien Universität Berlin, dem er vorwarf, mittels der Totalitarismus-These „Vergleich und […] Gleichsetzung von Faschismus und Kommunismus“ zu betreiben. Dabei hielt er seinen Kontrahenten zudem vor, sie benutzten „Materialien aus der Gauck-Behörde als politische Waffe“. Mitarbeiter des Forschungsverbunds bezeichnete er als „Hobbyhistoriker“ oder „nekrophile Antikommunisten“.[13] Im Gegenzug wurde Wippermann vorgeworfen, er nutze „seinen akademischen Titel, um billige Agitation zu betreiben“.[14]Wolfgang Kraushaar urteilte in der Zeitung Die Zeit über Wippermanns Buch Totalitarismustheorien, dass es dem Autor nicht gelungen sei, an die mehr als zwanzig Jahre zurückliegenden Rekonstruktionen dieser Theorien anzuknüpfen, und kritisierte die im Buch vorkommenden Pauschalurteile, polemischen Seitenhiebe und fehlende Distanz.[15] Ebenfalls kritisierte Frank-Lothar Kroll in der Frankfurter Allgemeinen Zeitung, dass sich Wippermann „hartnäckig gegen alle geschichtswissenschaftlichen Bemühungen um eine vergleichende Totalitarismusforschung wehrt“.[16]
2014 erstellte Wippermann ein historisches Gutachten für die Deutsche Gesellschaft für Gerontologie und Geriatrie über das Leben und Wirken von Max Bürger, dem Namensgeber des Max-Bürger-Preises. In der zeitlichen Folge zu diesem Gutachten, das entgegen der Ankündigung einer Publikation Anfang 2015 unveröffentlicht blieb, entschloss sich die Deutsche Gesellschaft für Gerontologie und Geriatrie auf der Mitgliederversammlung am 26. Oktober 2014, den Namen des Preises nicht fortzuführen, da Bürger in der Zeit von 1937 bis 1945 Nationalsozialist war.
Publikationen
Faschismustheorien. Zum Stand der gegenwärtigen Diskussion. Wissenschaftliche Buchgesellschaft, Darmstadt 1972, ISBN 3-534-06105-5 (bis 1997 sieben Neuauflagen).
Der Ordensstaat als Ideologie. Das Bild des Deutschen Ordens in der deutschen Geschichtsschreibung und Publizistik. Mit einem Geleitwort von Klaus Zernack, Colloquium, Berlin 1979, ISBN 3-7678-0464-6 (zugleich: Dissertation, FU Berlin, Fachbereich 13 – Geschichtswissenschaft 1975).
Antifaschismus in der DDR. Wirklichkeit und Ideologie. Berlin 1980.
Der „deutsche Drang nach Osten“. Wissenschaftliche Buchgesellschaft, Darmstadt 1981, ISBN 3-534-07556-0.
Die Berliner Gruppe Baum und der jüdische Widerstand. Berlin 1981.
Steinerne Zeugnisse. Stätten der Judenverfolgung in Berlin. Berlin 1982.
Europäischer Faschismus im Vergleich. Suhrkamp, Frankfurt am Main 1983, 3. Auflage 1991, ISBN 3-518-11245-7.
Jüdisches Leben im Raum Bremerhaven. Eine Fallstudie zur Alltagsgeschichte der Juden vom 18. Jahrhundert bis zur NS-Zeit. Bremerhaven 1985, ISBN 3-923851-03-0.
Das Leben in Frankfurt zur NS-Zeit I–IV. Kramer, Frankfurt am Main 1986, ISBN 3-7829-0316-1.
Der konsequente Wahn. Ideologie und Politik Adolf Hitlers. Bertelsmann, München 1989, ISBN 3-570-03950-1.