Villavaquerín liegt in der Iberischen Meseta am Río Esgueva gut 22 Kilometer (Fahrtstrecke) östlich vom Stadtzentrum von Valladolid in einer Höhe von ca. 770 m. Ein Weiterbau der Autovía A-11 ist durch die Gemeinde geplant. Das Klima im Winter ist kalt, im Sommer dagegen warm bis heiß; der spärliche Regen (ca. 509 mm/Jahr) fällt übers Jahr verteilt.[2]
