Augagneur entstammt einer kleinbürgerlichen Familie aus dem Brionnais. Er studierte im Priesterseminar von Semur-en-Brionnais, bevor er die medizinische Laufbahn einschlug.
Vom 13. Juni bis zum 3. August 1914 war er Minister für öffentlichen Unterricht und Schöne Künste im Kabinett von Premierminister René Viviani. Nach einer Kabinettsumbildung war er daraufhin bis 29. August 1915 Marineminister in Vivianis Regierung. Nachfolger als Unterrichtsminister wurde Albert Sarraut.