Nach sieben Jahren verließ er die Bundesliga und wechselte zum ZweitligistenSV Anhalt Bernburg.[3] In der Saison 2008/09 war Mäuer vorübergehend Spielertrainer.[4] Zur Saison 2010/11 ging er zum unterklassigen Magdeburger SV 90.[5] 2012 beendete Mäuer seine Karriere und übernahm den Trainerposten bei HV Rot-Weiss Staßfurt, den er bis zum Saisonende 2014/15 trainierte.[6][7]
Uwe Mäuer ist gelernter Einzelhandelskaufmann und Fitnesstrainer.[2][6]