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Am EHF-Pokal 1998/99 nahmen 31 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatligen für den Wettbewerb qualifiziert hatten. Der Titelverteidiger war THW Kiel. Es war die 18. Austragung des EHF-Pokals bzw. des IHF-Pokals. Die Pokalspiele begannen am 29. September 1998, das zweite Finalspiel fand am 18. April 1999 statt. Im Finale konnte sich SC Magdeburg gegen CBM Valladolid durchsetzen.^[1]

Modus

Alle Runden inklusive des Finals wurden im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel durchgeführt. Der Wettbewerb startete mit den Sechzehntelfinale mit allerdings nur 15 Spielen. TBV Lemgo zog durch Freilos in das Achtelfinale ein.

Sechzehntelfinals

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Schachtar Akademiya Donezk Ukraine	40:40 ^*	Niederlande HV Sittardia	18:18	22:22
Team Esbjerg Danemark	66:42	Zypern 1960 Anorthosis Famagusta	33:21	33:21
Pallamano Trieste Italien	54:44	Slowakei ŠKP Bratislava	33:26	21:18
CBM Valladolid Spanien	66:52	Polen Śląsk Wrocław	39:24	27:28
SC Magdeburg Deutschland	56:37	Rumänien Steaua Bukarest	26:16	30:21
RK Split Kroatien	63:41	Litauen JR Klaipėda	30:20	33:21
SKIF Krasnodar Russland	48:54	Serbien und Montenegro RK Zeleznicar 1949 Nis	24:25	24:29
HC Gračanica Bosnien und Herzegowina	47:52	Schweden LUGI HF	25:24	22:28
UHC Stockerau Osterreich	46:51	Portugal FC Porto	25:24	21:27
Chambéry Savoie HB Frankreich	52:44	Nordmazedonien RK Prespa Resen	30:17	22:27
HC Baník Karviná Tschechien	54:33	Luxemburg HB Dudelange	32:18	22:15
A.S. Ionikos Athen Griechenland	34:59	Norwegen Sandefjord TIF	18:29	16:30
RK Slovenj Gradec Slowenien	55:55 ^*	Turkei Beşiktaş Istanbul	32:25	23:30
Arkatron Minsk Belarus	48:57	Belgien Sporting Neerpelt	19:30	29:27
Dunaferr SE Ungarn	39:47	Schweiz TV Suhr	23:20	16:27

^*

Schachtar Akademiya Donezk^[2] und Beşiktaş Istanbul zogen aufgrund der Auswärtstorregel ins Achtelfinale ein.

Achtelfinals

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Sporting Neerpelt Belgien	47:51	Danemark Team Esbjerg	23:28	24:23
FC Porto Portugal	42:50	Kroatien RK Split	25:24	17:26
Beşiktaş Istanbul Turkei	49:54	Serbien und Montenegro RK Zeleznicar 1949 Nis	23:23	26:31
TV Suhr Schweiz	53:56	Spanien CBM Valladolid	31:28	22:28
Sandefjord TIF Norwegen	47:44	Italien Pallamano Trieste	26:19	21:25
Chambéry Savoie HB Frankreich	44:47	Deutschland SC Magdeburg	27:25	17:22
HC Baník Karviná Tschechien	47:45	Ukraine Schachtar Akademiya Donezk	26:24	21:21
LUGI HF Schweden	43:64	Deutschland TBV Lemgo	23:28	20:36

Viertelfinals

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
RK Zeleznicar 1949 Nis Serbien und Montenegro	43:48	Deutschland TBV Lemgo	20:18	23:30
SC Magdeburg Deutschland	45:34	Kroatien RK Split	26:20	19:14
HC Baník Karviná Tschechien	61:68	Spanien CBM Valladolid	24:34	37:34
Sandefjord TIF Norwegen	50:46	Danemark Team Esbjerg	26:24	24:22